Vincent Fleury, la pierre de rosette de Jean Staune

J'ai longuement interrompu la critique du livre de Jean Staune "L'existence a-t-elle un sens ?", chapitre XI, à cause d'une des personnes qui y sont célébrées, Vincent Fleury. Initialement je ne pensais pas m'intéresser à son cas aussi longuement, son ignorance affichée sur les forums de Sur-la-Toile de la théorie de l'évolution et de la génétique me paraissant être des éléments suffisants pour disqualifier sa théorie qui a attiré l'attention de Staune. La discussion avec Vincent Fleury était censée être arrivée à un terme, à sa demande, le fil de discussion était clos, et j'avais entrepris la critique des divers sous-chapitres du XI sur un nouveau fil. Vincent Fleury y est venu défendre son nouvel ami Staune, s'est planté de façon lamentable (j'y reviendrai), et a détourné le sujet, à nouveau en défense de sa théorie, ânonnant ses mantras habituels. Devant la tiédeur des modérateurs, qui n'ont pas souhaité enlever les interventions hors sujet du nouveau fil, j'ai simplement quitté le forum et j'ai transporté mes critiques de Vincent Fleury sur le blog dloale.wordpress.com, où j'accumulais des articles de la littérature scientifique contredisant les positions de Vincent Fleury. Ce dernier, malgré le fait qu'il répète à qui veut l'entendre qu'il n'aime pas la polémique, y est venu discuter, non pas avec moi, mais avec une amie qui m'avait rejoint, intéressée par le cas, incrédule que Vincent Fleury puisse croire ce qu'il racontait, en particulier sur une page de son site universitaire.

Fleury y a continué le récital entamé sur SLT, faisant preuve

• d'incompétence en tant que modélisateur pour analyser correctement une situation, soit-elle simple,
• d'incapacité de lire et comprendre des articles sur le développement,
• d'un flou incompréhensible concernant ses propres modèles qui se veulent des calculs exacts,
• d'une mauvaise foi qui est inacceptable pour quelqu'un qui se réclame de la démarche scientifique.

Ainsi, la critique de la "pierre de rosette" de Staune est largement mieux étayée que ce que j'aurais pensé faire.

Vincent Fleury semble être un platonicien estimant a priori que les formes sont latentes et que l'évolution du vivant ne fait que les révéler, trouvant inacceptable l'idée que les organismes/individus puissent être déterminés par leurs génomes; plutôt anti-Mendel que anti-Darwin d'ailleurs. Dans la volée, il réfute les résultats expérimentaux en embryologie et ses modèles semblent être bâtis sur des a priori, certainement pas sur ses propres résultats expérimentaux, qu'il avoue de ne pas avoir produit pour tester ses hypothèses. Fermement convaincu d'être le détenteur d'une vérité qui ne serait pas facile à faire admettre par ses pairs, il a préféré emprunter le chemin de la publication grand public avant celui de la littérature scientifique évaluée avant publication (peer-review), se procurant ainsi un public qui serait plus perméable aux assertions ex cathedra démunies de vérifications expérimentales.

[addendum 23 avril 2009 Vincent Fleury vient de publier dans une revue de physique : Clarifying tetrapod embryogenesis, a physicist’s point of view]

Ainsi convaincu, il pense déceler des preuves de ce qu'il avance partout; soit-il dans des expérimentations dont il n'a pas lu les compte rendus, ou pas compris, ce qui est fort probable également, et qui le contredisent de façon flagrante, dans des propos qui sont nuancés mais que lui souhaiterait catégoriques pour crier à la persécution, dans des situations qui sont d'une clarté exemplaire et qu'il essaie de distordre pour les faire coller à ce qu'il souhaiterait qu'il soit. C'est un interlocuteur caractérisé par un manque complet d'honnêteté lors des échanges, prompt à avoir recours à des accusations fantaisistes, aux injures, au détournement de la discussion, mais certes pas capable de reconnaître ses erreurs et de s'excuser des phrases malencontreuses qu'il a écrites. Cette critique ressemble à une attaque ad hominem, et on pourrait me reprocher ceci, mais en fait il s'agit de la critique d'une école, école que Vincent Fleury représente tout seul pour l'instant, et que j'espère n'aura pas d'autre représentant dans le futur.

Non pas que les tentatives pour expliquer le vivant indépendamment de la génétique et l'évolution de façon anti-Darwin manquent, et d'habitude elles ne font pas long feu dans un environnement ou le flux d'information est rapide et que les théories avancées sont rapidement confrontées à des gens qui disposent l'expertise nécessaire pour les ridiculiser. Le cas le plus proche de Vincent Fleury étant Stuart Pivar, qui a été massacré par des experts en mathématiques et embryologie et qui s'est rendu mondialement ridicule en souhaitant intenter un procès à Seed Magazine et PZ Myers pour diffamation, à cause de la critique négative que ce dernier a publié (et que je trouve excellente).

Que les hypothèses de Vincent Fleury aient un quelconque lien avec la réalité ou non, nous n'en avons aucune preuve, lui-même ne semblant pas avoir considéré nécessaire de tester ses positions par l'expérimentation. Il n'est donc possible que de critiquer les bases de son raisonnement.

Il écrit clairement qu'il ne peut accepter que l'évolution soit le fait des gènes, clarifiant ainsi un a priori des plus ridicules depuis Mendel. Rien qu'avec cette assertion Vincent Fleury se disqualifie lui-même pour toute discussion sérieuse dans le domaine. Tout au plus on peut lui demander de prendre un bouquin de biologie du secondaire et le potasser, évitant pendant ce temps de se qualifier de biophysicien. Ce qui est étonnant, c'est qu'habituellement, il ne rejette pas de façon aussi catégorique la génétique. Au contraire, une des publications qu'il co-signe dit clairement le contraire : "The “hard wiring” encoded within the genome that determines the emergence of the laryngotracheal groove and subsequently early lung branching morphogenesis is mediated by finely regulated, interactive growth factor signaling mechanisms that determine the automaticity of branching, interbranch length, stereotypy of branching, left-right asymmetry, and finally gas diffusion surface area." (Source). Interpellé publiquement sur SLT pour s'expliquer sur ce point, il s'est senti agressé ! Si un scientifique ne défend pas ses position publiées face au public (des étudiants du domaine) qui l'interroge sur un revirement aussi spectaculaire, je ne vois pas comment on pourrait lui attribuer une crédibilité quelconque. Il faut au moins avoir le courage de défendre ses opinions.

Il réfute les résultats expérimentaux en embryologie. Il semble penser que ce ne sont pas là des cas réels à cause de l'intervention des expérimentateurs pour perturber le système étudié, évite soigneusement de discuter les cas où l'intervention est suffisamment écartée pour que les perturbations ne soient transmises que par le matériel génétique, pense enfin que ses modèles mathématiques sont plus réels que ce qui se passer à la paillasse d'un laboratoire de recherche. Un refus de l'empirisme qui n'est pas à l'honneur d'un scientifique et qui constitue le deuxième a priori sur le quel les réflexions de Vincent Fleury sont basées.

En général, ses a priori semblent l'aveugler suffisamment pour qu'il soit incapable d'analyser correctement une situation, même des plus simples (Jean Walker), lire un texte et essayer de le comprendre (Ptx1), observer un cas clairement exposé et essayer de le mettre en adéquation avec ses hypothèses (positionnement de L2/R2, Weiser et al., premier épisode) et le conduisent par prendre ses désirs pour des réalités (positionnement de L2/R2, Weiser et al., deuxième épisode), donnant une impression de brouillon, où tout ce qui ne correspondrait pas avec ce qu'il dit, doit être écarté à la hache, ou simplement ognoré. Il y en a qui y verront un enthousiasme plein de candeur, j'y vois un comportement indigne d'un chercheur, qui devrait aborder son sujet en essayant de se renseigner au mieux de l'état de l'Art avant de commencer à avoir des opinions personnelles, qu'il formulerait en tant qu'hypothèses et qu'il testerait avant de les proposer pour discussion à ses collègues experts du domaine.

Voilà donc ce que j'ai à dire de la "pierre de rosette" de Jean Staune, après l'avoir pratiquée par des échanges sur SLT et sur dloale, ou parcouru ce qu'il appelle pompeusement Foire Aux Questions, hébergé par un site universitaire, celui de l'Université de Rennes 1, où, au moins les questions que moi j'ai posées, sont déformées, et certes pas répondues si ce n'est par du charabia, l'exemple le plus lamentable étant FAQ 2, qui mérite la lecture (voir en fin de post).

Jean Staune, prudent quand il inclue dans son écurie un exemple qui n'a pas eu encore le temps d'être éprouvé, entame le sous-chapitre où il présente Vincent Fleury et sa théorie en ajoutant au titre plus que la précaution d'usage : "Et si l'évolution de faisait (presque) indépendamment de la sélection ?" Il a beau formuler ça comme une question, il s'ajoute un deuxième préservatif, ce "(presque)" qui est déjà un désaveux du positionnement rejetant la théorie qu'il va présenter. Pour éviter d'introduire Vincent Fleury, illustre inconnu en dehors d'un petit cercle, il démarre avec des allusions à Simon Conway-Morris qui est en train de grignoter les fonds de la Fondation John Templeton, qui finance également Jean Staune, puis il nous fait une de ses pirouettes de prestidigitation rhétorique en impliquant Stephen Jay Gould et Marc Godinot ("paléontologue du Muséum national d'histoire naturelle, considéré comme tout à fait orthodoxe", ajoute Staune, pour qui le prestige et l'orthodoxie de ses références est essentielle, n'ayant pas lui-même la moindre stature et certes pas les compétences nécessaires pour discuter de biologie). Je ne connais pas Marc Godinot, mais Jean Staune ne fait que citer ses opinions et chacun peut en exprimer autant qu'il le souhaite, ça ne fait pas des dites opinions des faits sur les quels on pourrait baser un raisonnement scientifique autre que celui permettant de bâtir des hypothèses. Et les opinions de Marc Godinot ne doivent pas être exemptes d'une certaine religiosité, pour preuve son implication en tant que vice-président, actuellement, de l'association des scientifiques chrétiens "Réseau Blaise Pascal", qui a comme devise "Science, Culture et Foi", reprise en sous-titre, sous la forme "Réseau de groupes francophones autour de sciences, cultures et foi chrétienne". [update 9 mai 2008 - En lisant "Connaître n° 26, publiant les actes du colloque "Création contre évolution ?", publiant une intervention de Marc Godinot, j'apprends un peu à le connaître lui. Et ce que je lis me plaît plutôt, son opinion au sujet de "la rosette" n'étant pas loin de la mienne :-) Il trouve que Fleury parle de paléontologie de façon affligeante, et il semble ne pas être très en phase avec les déformations géométriques à la d'Arcy]

Pour Staune : "la question est de savoir quelle est l'influence réciproque de la sélection et de ces contraintes du développement", 'ces' faisant allusion aux contraintes limitant les possibilités d'êtres vivants. Le sophisme est posé, pas si délicatement que ça. Si on pose la question en quoi ces contraintes sont différentes de la sélection naturelle, pourquoi les dissocier et aller même jusqu'à les opposer, on n'obtient aucune réponse. C'est dans cet écrin fallacieux que Jean Staune vient déposer Vincent Fleury, "(chercheur au CNRS, biophysicien, spécialiste du développement des formes)", comme il précise.

Il est dit que Vincent Fleury n'hésite pas de proposer une théorie radicalement nouvelle de l'origine des êtres vivants dans laquelle la génétique [b] ne joue qu'un rôle secondaire. Et c'est vrai que Vincent Fleury n'hésite pas. Il y a une précision que j'ai omise mais signalé par [b], que Staune place entre parenthèses, mais qui mérite d'être examinée à part : [b = "et donc les processus darwiniens de mutation et sélection"]. Bien sûr Darwin ne connaissait pas la génétique, ni les mutations. Bien sûr Vincent Fleury ne s'y connaît pas suffisamment en biologie pour qu'on lui reproche une telle confusion, mais Staune, lui, est au courant de l'histoire des sciences suffisamment pour que cette erreur lui saute à la figure. Mais son enthousiasme l'emporte et il laisse cette énorme bourde en toutes lettres page 306, §2 de The Book.

Il continue avec une phrase qui est la clé de voûte autour de laquelle Staune bâtit la présentation de Vincent Fleury : "Fleury analyse le développement de l'embryon à partir de la première cellule, et montre que les dynamiques internes qui s'y développent peuvent être analysées par des concepts physiques précis. La base de la théorie repose sur le calcul de la déformation induite dans le tissu vivant par une cellule qui se déplace."

Bien sûr il est possible d'analyser le développement par des concepts physiques précis. Mais ce n'est pas ce que Vincent Fleury fait. Il ne part pas de l'observation et de la mesure pour aboutir à une modélisation. Il m'a fallu plusieurs mois d'échanges pénibles pour avoir confirmation du fait que Vincent Fleury n'a pas testé ses modèles expérimentalement. Et que les propriétés et les raisons de déplacement des cellules durant le développement non pas seulement lui échappent, mais il refuse obstinément de les prendre en compte (refus de l'empirisme mentionné ci-dessus).

La conclusion de Vincent Fleury qui a attiré l'attention de Jean Staune est le sous-titre du livre dloale : le sens de l'évolution. Vincent Fleury pense que l'évolution a un sens. Son approche est plutôt naïve, procède d'une analogie injustifiée et injustifiable avec la diffusion, et porte la marque du handicape dû à son ignorance, avouée, des travaux sur la directionnalité d'évolution d'un caractère, sous l'effet de la sélection naturelle, et les changements de sens lors des modifications des conditions caractérisant le milieux sélectionnant. Ainsi il peut penser ce que bon lui semble et ça n'a pas la moindre importance et ses qualifications universités n'y apportent aucun poids. Autant demander à Madame Soleil ce qu'elle pense de la météo du 14 juillet 3012 ou à Elisabeth Tessier son opinion sur la théorie des cordes.

Jean Staune, encore un fois prudent, il dit qu'il est trop tôt pour porter un jugement global sur l'approche de Vincent Fleury. Mais il est assez tard pour porter un jugement sur l'approche de Jean Staune. Il s'est saisi de la théorie de Vincent Fleury en ne se posant pas les questions de base que quiconque réalise une enquête scientifique devrait se poser au sujet des postulats de base, de l'adéquation de la théorie avec les données expérimentales, de la solidité de l'argumentation face aux critiques des experts du domaine. "N'importe quoi à condition qu'il semble contredire Darwin" est l'approche de Staune. N'importe quoi pour faire semblant.

Quatre raisons sont données qui rendraient l'approche de Vincent Fleury intéressante :

1. elle serait la "pierre de rosette" qui donnerait un semblant de respectabilité aux thèses d'Anne Dambricourt-Mallassé, Jean Chaline, Michael Denton, Rosine Chandebois, D'Arcy Thompson, Simon Conway-Morris; je pense que ces personnes devraient chercher leur bonheur ailleurs (pour celles qui sont vivantes), mais il n'est pas impossible qu'ADM y voit une vague lumière pouvant la soutenir, mais sur une base qui n'est pas à la hauteur de son empirisme, dont on ne peut la priver, elle.
2. parce qu'elle montre que la situation n'est pas figée dans les science de l'évolution; je ne sais pas pourquoi Vincent Fleury en particulier en est une preuve pertinente, il y a des longues discussions sur la théorie de l'évolution, certes essentiellement darwin-like quand il s'agit de discussions scientifiques et l'ignorance affichée, avouée même pour certains sujets, de Vincent Fleury ne le rend pas pertinent.
3. elle montrerait que l'évolution des êtres vivants repose sur des concepts simples; Jean Staune est incapable de comprendre un concept aussi simple que variation/sélection et il croît que le concept de Vincent Fleury est encore plus simple !
4. elles constituerait un exemple parfait des "nouvelles lunettes" permettant de voir l'évolution différemment; en ami qu'il se déclare, Jean Staune devrait offrir des nouvelles lunettes à Vincent Fleury, avec l'espoir que ce dernier pourrait mieux lire, sa façon de voir et d'interpréter n'étant certes pas une garantie de succès, quel que soit le domaine abordé, d'après ce qu'il a pu nous montrer lui-même.

Aucune des quatre raisons ne me semble pertinente.

La question reste quand même : pourquoi certains, dont Jean Staune et Vincent Fleury, s'acharnent à extraire du concept de la sélection naturelle une partie, dans le cas présent des/les lois physiques, et par la suite font semblant que ce sous-ensemble serait en opposition avec la sélection naturelle ? Ils ne se rendent pas compte du ridicule de leur approche ? Et si non, pourquoi ?

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Extrait de Foire aux questions, de Vincent Fleury, website de l'UMR CNRS 6626, Groupe Matière Condensée et Matériaux, CNRS/Université de Rennes 1.

FAQ 2 (Antoine Bordeaux) Des travaux montrent que ça n'est pas possible de considérer un objet mathématique qui serait "l'adaptation" ("fitness") en fonction des gènes.

réponse - je ne considère pas du tout le "fitness" en fonction des gènes, mais le "fitness" en fontion de la forme, dans le vrai espace des formes telles qu'on les voit. L'espace que je considère est l'espace où les paramètres du génôme sont reparamétrés sur les paramètres physiques réels, qui dimensionnent le problème : ex: la longueur d'une patte peut évidemment dépendre de mille gènes, mais ces gènes ne pourront produire qu'une patte plus longue ou moins longue, dans une space de toutes les pattes, de petites à longues. Le paramètre "longueur de patte" est pertinent pour analyser l'adaptation, pas le paramètre "gène untel". Cependant, d'où sort cette longueur de patte? Elle sort d'un écoulement visco-élastique du bourgeon de membre, dont les paramètres sont la durée de croissance T, la viscosité du tissu, l'épaisseur du tissu, en gros. La vitesse de croissance, dans une hypothèse simple de type loi de D'Arcy sera propotionnelle à bcarré/viscosité. Par conséquent, la longueur de la patte sera fonction de Txbcarré/viscosité. Des milliers de gènes peuvent modifier T, b ou la viscosité, en provoquant simplement le même effet adimensionné, qui ne dépend que du produit bcarréT/viscosité. Dans ce cas, le paramètre bcarréT/viscosité est le bon paramètre du problème, et au fil des mutations affectant ce nombre, la patte s'allonge stochastiquement, avec une diffusion vers les grandes pattes.

Exemple d'allongement dû à une modification des paramètres biophysiques du problème. Une sphère fibrée tend à devenir plus pointue si les fibres sont plus raides. Si on change dans le modèle la raideur des fibres de façon continue (en haut à gauche pas de fibres, en bas à droite plein de fibres), on obtient un allongement et la sortie d'une pointe. ça évoque l'effet chaire de poule : une petite boule de muscles (le follicule) se contracte, et ça sort vers le haut une petite bosse. Cet exemple (construction de Wulff d'une surface dont la tension de surface diverge au pôle par effet de rétrécissement des anneaux de fibres) montre comment un principe physique simple, associé à une variation des paramètres matériels, induit un changement de forme déterminé. Je pense que cela a également à voir avec la croissance des plumes.

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The dangers of creationism in education

Report
Committee on Culture, Science and Education

Rapporteur: Mr Guy LENGAGNE, France, Socialist Group

58. The Interdisciplinary University of Paris (UIP): The UIP, an association set up under the Law of 1901, was established in 1995 to replace the European University of Paris, which was founded in 1989 to succeed the Popular University of Paris. Supported at the beginning by a number of prestigious companies, it has gradually been abandoned by its sponsors owing to the suspicions of neocreationism raised against it. It is actively working on the introduction of spirituality into the sciences and society and is also said to be very closely allied to the American intelligent design movement. The transmission on ARTE in October 2005 of the Thomas Johnson documentary Homo sapiens, a new history of Man was, incidentally, very controversial in France. It seems to have been very largely inspired by the work of Anne Dambricourt-Malassé, who is responsible for research at the National Scientific Research Centre CNRS, is attached to the Paris Natural History Museum and was at that time a member of the UIP’s scientific council. The documentary was accused of conveying a neocreationist message and helping the UIP’s cause

l'idée de création

Attention, il n’est pas question de dire que l’idée de création est aujourd’hui scientifiquement prouvée. Mais désormais, plus rien n’interdit à quiconque d’inférer (de déduire) logiquement l’idée de création de la recherche scientifique.

Ca, ce sont des paroles de créationniste, pas de doute.

Qui a dit ça ? Jean Staune, celui qui râle quand il est qualifié de néo-créationniste :-) (par ici)

Oh, et en ce qui concerne l'ID ?

I wrote un article you can find on [URL] (it will inform you about what is REALLY non-darwinian biology, ID is only a very very TINY part of it)

Donc, l'ID est une petite partie de la biologie non-darwinienne, hein ? Et si on dit à Jean Staune qu'il a des liens avec le Discovery Institute il risque de commencer à crier à la malhonnêteté n'est-ce pas ?

discuter avec n'importe qui ?

Doit-on accepter de se mettre en face de n'importe qui pour discuter ?

Je me pose la question après avoir lu la présentation que fait Jean-Paul Baquiast de The Book.

Jean Staune est à la recherche de respectabilité, qu'il espère gagner en débattant avec des adversaires qu'il considères comme convenables pour son marketing personnel. Ainsi, même quand il est mis en boîte par André Comte-Sponville il jubile. Il a débattu avec quelqu'un qui améliore sa visibilité dans les médias. Le résultat du débat (toujours philosophique, jamais orienté vers la partie "enquête scientifique" de The Book), ne pouvant aboutir à des conclusions nettes, est toujours utilisable auprès de ses groupies qui ne demandent qu'à être convaincues que quelqu'un au dessus d'eux les prends en charge.
Ainsi, quand je lui signale que notre correspondance en privée me paraît inutile parce que mon intérêt personnel est d'exposer son ignorance il rétorque que ça ne présente aucun intérêt pour lui, son intérêt étant de débattre avec des opposants bien plus connus que lui.

Est-ce souhaitable d'offrir ce glaçage de respectabilité à quelqu'un comme Jean Staune ? Je doute.

Qu'est-ce qu'il apporte sur la table du débat qui pourrait être intéressant ?

Du point de vue scientifique, terrain où souhaite se montrer compétent, je ne peux me prononcer que concernant ses tentatives anti-darwinistes. Une objectivité teintée de son a priori que le monde a été créé et que le hasard n'y est pour rien, qu'il essaie de soutenir avec les exemples les plus éculés, ayant été réfutés depuis belle lurette, et le sensationnalisme supporté par quelques scientifiques que je suspecte de suffisamment de cynisme pour qu'ils professent la controverse juste pour se montrer originaux. Prendre au sérieux JohnJoe McFadden annonçant que les mycobactéries n'ont pas de plasmides et que donc le transfert horizontal des gènes ne peut expliquer leur multi-résistance fera rigoler les biologistes, sauf Ogryzko qui prétend que la contestation d'une théories scientifiques est un dû au nom de la liberté de parole ! Le non biologiste sera peut-être convaincu que si deux éminents scientifiques pensent que Staune a raison il est peut-être possible qu'il ait raison. Ils ne mettront pas en balance le fait que pour un McFadden et un Ogryzko il y en a des milliers qui sont de l'avis opposé et qui soutiennent le leur par des résultats expérimentaux, tandis que ce que Staune rapporte ne sont que des hypothèses non testables. Lutte contre la pensée unique qui ne touche jamais les domaines qui n'ont pas un lien direct avec la spiritualité; pas de contestation au sujet de U=RI par exemple, qui relève autant de la pensée unique en sciences que la théorie de l'évolution.

Du point de vue science appliquées, son exemple de robot inapte à parcourir des paysages analogues aux "fitness landscapes" tombe en quelques minutes en démonstration pratique, pas en hypothèses et sophismes. De même que son ignorance des applications des algorithmes génétiques.

Quelle est l'attitude de Staune quand on lui "met le nez dans le caca" ?

Nier, nier, nier, avec force et conviction l'évidence qu'on place devant lui, se cacher derrières ce que, les uns ou les autres de ceux qu'il cite et considère comme ses conseillers, ont dit, prêt à rejeter la faute sur eux. Essayer de minimiser la porté des contre-exemples qui lui barrent le chemin, recourant si nécessaire à des accusations de malhonnêteté envers ses adversaires qui n'ont pas l'obligeance de le laisser faire.

Et quand on en arrive à parler théologie les choses sont pires. Baptisé orthodoxe, converti au catholicisme, se déclarant catholique hérétique (ne croyant pas au dogme de l'église catholique) fabriquant sa propre scienligion, n'ayant pas une définition de dieu ferme (qui risquerait de restreindre le nombre de ses supporteurs) sous prétexte d'éviter la pensée unique (Voir page 455 de mon livre ou je définis toutes une séries de conceptions différentes de dieu, justement pour éviter toute "pensée unique" sur ce thème. Oui, mon livre part d'une approche aussi objective que possible du réel).

Ce qui caractérise le mieux Jean Staune est l'absence de conviction autre que dieu devrait exister, ne serais-ce que pour lui donner raison, à lui. Le reste est modulable à souhait au grès des besoins et des sources de financement. Si le Discovery Institute n'est pas un partenaire financier intéressant et que la John Templeton Foundation n'aime pas l'Intelligent Design Staune sera un détracteur acharné de l'Intelligent Designer.

Est-ce souhaitable de discuter avec quelqu'un qui est tellement amorphe en termes d'arguments ?

Je pense que Jean Staune déteste le darwinisme parce qu'il le pratique et il n'aimerait pas que ses proches s'en rendent compte. Il émet un gros paquet d'hypothèses gratuites (presque aléatoires) et attend de voir lesquelles pourront survivre au fil du temps à travers les discussions diverses pour clamer qu'il avait raison, considérant même les cadavres déjà bien froids comme des alliés qui peuvent lui servir, tant que son lectorat ne sait pas qu'ils sont morts.

Il triomphe non pas quand un de ses exemples/supports a été prouvé (ce qui ne risque probablement pas d'arriver) mais quand il a évité de se servir d'un exemple qui a été clairement réfuté (voir Michael Behe et évolution des baleines).

Est-ce souhaitable de discuter avec Jean Staune ?

Oui, en commençant par présenter le manque de sérieux de son travail, le fait qu'il ne peut prétendre au titre d'enquête scientifique, en montrant le caractère subjectif de sa collection de ce qui considère les supports de ses hypothèses.
Puis, éventuellement, abordant à nouveau le fait que ses hypothèses concernant un autre niveau d'existence sont exactement ce qu'elles étaient il y a un, deux ou vingt siècles. Des hypothèses gratuites.

JeanWalker 2.1

Ceci est la suite de JeanWalker, initialement publiée Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 19:53

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C'est fou l'effet que ça peut faire deux Perrier, consommés dans l'ambiance amicale d'un pub, à la qualité de mon code. Certains prétendront que c'est les sourires des filles alentours qui m'améliorent et je n'essaierai pas de les contre-dire.

Voici donc JeanWalker 2.1

Le paysage peut être plus complexe et est facile à définir par une série de nombres indiquant chacun le maximum d'un domaine. Les domaines ayant tous une base égale à l'unité.

Ainsi, set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6} est un paysage correspondant à :

Le critère d'abandon de la boucle d'évolution de JeanWalker est le dépassement du dernier domaine, pas du maximum de y, mais du maximum de x.

Voici ce qu'un simple "run" donne :

On voit que JeanWalker passe les "vallées" bien à l'aise, il grimpe aux sommets et continue son errance de façon aléatoire. C'est bien plus satisfaisant qu'une seule petite vallée, n'est-ce pas ?

Le "chemin" parcouru, ains que le nombre d'étapes avant que JeanWalker tente de dépasser le dernier domaine est variable et imprévisible, bien entendu.

Le "code" largement amélioré est ci-dessous, commenté pour m'éviter un organigramme.

-- description du paysage
set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6}
--initialiser le presse-papier, où les résultats seront stockés
set the clipboard to ""
--placer JeanWalker aux starters
set x to 0
set y to 0
--tend détermine la longueur du "pas" vers le haut
set tend to 0.1
--boredom est la mesure de l'ennui de JeanWalker quand il n'arrive pas à progresser vers le haut
set boredom to 0
--pierre will be used to store the threshold of the last domain
set pierre to 0
-- evolving peut être utilisé pour accélérer la "marche en avant" de JeanWalker; j'ai ajouté ça pour ceux qui ont des machines lentes. A "1" la probabilité d'avancer ou reculer est égale. Si on diminue la valeur le recul est affecté "set x to x + ((thesign * boredom) * evolving)"

set evolving to 1
-- départ
repeat
set previous_y to y -- mémoire à case unique
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
-- arrivée
exit repeat
end try
if y + tend ? domain then
-- grimper si possible
set y to y + tend
else
-- sinon rester sur le "haut du pavé"
set y to domain
end if
if previous_y = y then -- si ça n'avance pas vers le haut
set boredom to boredom + 0.1 - tu t'ennuies
-- vers où aller ? avant ? arrière ? attendons un signe
if (random number {}) < 0.5 then -- aléatoire le signe !
set thesign to 1
set x to x + (thesign * boredom) -- en avant
else
set thesign to -1
set x to x + ((thesign * boredom) * evolving) - en arrière; éventuellement de façon modérée par "evolving"
end if
-- rester dans le paysage
if x ? 0 then set x to 0
if x > (count of landscape) then set x to count of landscape
else
set boredom to 0
end if
-- après un changement de x de façon aléatoire verifier que JeanWalker n'est pas suspendu à l'air, ce n'est pas encore JeanFlyer (prochain épisode)
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
set domain to last item of landscape
end try
if y > domain then set y to domain
-- noter les coordonnées de l'étape et recommencer tant que Jean Walker n'essaie pas de sortir du paysage par la droite.
set the clipboard to (the clipboard) & x & tab & y & return
end repeat
-- prévient qu'il est temps de regarder les résultats !
beep

Script pour les Mac User, n'allez pas me dire que c'est comparable avec les superordinateurs des fabricants d'avions parce que j'aurais tendance à y croire.

JeanWalker

Initialement poste à Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 18:55

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J'ai interrompu mes commentaires du sous chapitre "recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens pour répondre à la demande de Nox.
Entre temps, à l'occasion de l'échange de quelques e-mails avec Staune, j'apprenais que Pierre Perrier, un de ses conseillers de Staune, bouffe au petit déjeuner des généticiens comme moi ! Effrayé par la menace qui plane au dessus du Modeste Biologiste™ que je suis, j'entreprends quand même une critique des paragraphes p 313 §4 à p314 §3.

Pierre Perrier, spécialiste de la modélisation (on ne sait pas de quoi sur quoi mais passons), est mentionné par Staune au sujet d'un de ses articles parus dans L'evoluzione : crocevia di scienza, filosofia e teleologia Editions Studium, Rome, 2005, intitulé "Que nous apprend l'analyse mathématique de la micro et de la macro-évolution". Staune utilise une analogie, bien choisie pour prétendre que un "algorithme de contrôle optimal" est nécessaire pour résoudre certaines situations.

Utilisons une analogie : un robot peut arriver au sommet d'une montagne avec un jeu d'instructions très simple l'amenant à grimper toujours plus haut, s'il peut gravir la montagne de façon régulière et en ligne droite. Mais s'il doit monter, redescendre, chercher son chemin, remonter, redescendre, etc. , pour arriver au sommet, alors il faut :

• soit que le robot sache qu'il a un but à atteindre
• soit que, avant de commencer à redescendre, le robot explore à distance les chemins qui lui permettent de remonter.

J'espère que ce passage n'a pas eu l'approbation de PP mangeur de généticiens comme moi et spécialiste de la modélisation. Et que l'erreur incombe uniquement à Jean Staune.

Je reprends donc l'analogie du robot de Jean Staune pour construire un bot sous forme de script (que j'ai nommé JeanWalker) qui ne sait pas qu'il a un but à atteindre (d'ailleurs ce n'est pas qu'il ne le sait pas, c'est qu'il n'en a pas tout court, faut avoir l'esprit contaminé par le téléologisme pour vouloir à tout prix qu'il y ait un but), qui n'a aucun moyen d'explorer à distance les chemins qui lui permettent de remonter mais qui arrive à dépasser un minimum local sans problème.

L'algorithme a été conçu à l'aide d'un sous-bock approprié (sans impression à l'envers) et d'un porte-mine 0.7 mm, au cours de la consommation de la quatrième pinte de stout de la soirée, par un Modeste Biologiste; il a fallu un peu moins de 40 sec.

L'implémentation est en Applescript (seul outil de programmation que ledit MB maîtrise vaguement) et le script est donné ici (Applescript, donc besoin d'un Mac) au profit de ceux qui veulent vérifier qu'il n'y a pas de "contrôle optimal" inclus; deux cafés ont été consommés pendant ce travail inhumain pour un programmeur du dimanche, et comme je dis souvent, programmeur du dimanche 29 février :-)

Pour tester JeanWalker j'ai dessiné un paysage simple, constitué d'un premier sommet A, d'une vallée B et d'un deuxième sommet C. Le bot est toujours placé en bas à gauche du paysage (point rouge) et il est "lâché".

JeanWalker "monte" tant qu'il peut. S'il n'arrive plus à monter (ayant atteint l'optimum local A) il s'ennuie et commence à se déplacer horizontalement, de façon aléatoire. Eventuellement, à un moment il finira par "tomber" dans la vallée B et il continue son chemin erratique jusqu'à pouvoir à nouveau "monter", sur le sommet C. S'il atteint les coordonnées [6, 6] le script s'arrête de tourner et rend la main avec l'historique dans le presse-papier. On peut alors le coller dans un tableur et tracer le graph du déplacement, pour mieux visualiser ce qui s'est passé.

Invariablement, après un nombre de "tours" plus ou moins important (imprévisible, le changement de coordonnées x étant aléatoire) JeanWalker atteint les coordonnées [6, 6] ! Mazette !

Et ce sans qu'il ait un but et sans pouvoir explorer à distance quoi que ce soit. Voici le graph de deux historiques.

Et voici le graph du nombre d'étapes nécessaires pour 12 run de JeanWalker. Ca n'a aucune importance ici, mais je reviendrai sur ça un peu plus tard, en continuant la critique de The Book.

Et quelques remarques associées qui serviront pour la suite de ma critique.

Quand le script s'arrête, on sait que JeanWalker se trouve aux coordonnées [6, 6]. On connaît par ailleurs le mécanisme qui lui a permis d'atteindre ce point. Mais tant qu'on n'a pas examiné le contenu du presse-papier (qui correspond à l'historique), nous sommes incapables de dire quel chemin a été parcouru. Il en va de même de l'évolution d'une espèce : on connaît le mécanisme, on connaît le résultat, mais nous sommes incapables de donner le chemin exact, personne n'ayant enregistré les diverses étapes. On peut avoir une approximation grâce au "registre des fossiles" mais elle est partielle et ne peut pas être basée sur les génotypes, l'ADN n'étant pas souvent accessible.

Le nombre des chemins est quasi-infini (à la précision de la machine près pour les décimales et du nombre d'étapes nécessaires). Ce qui fait que la probabilité que deux run produisent des graphs identiques est très faible.

Si on n'arrête pas le script sur la condition [6, 6], il continue tranquillement son chemin. L'arrêt n'est là que pour pouvoir récupérer les données, ce n'est pas un contrôle quelconque de l'historique.

Je reviendrai sur ces points plus tard donc.

La question se pose : Comment quelqu'un qui a fait des maths et de l'informatique au niveau bac+5 et dit avoir réalisé une enquête scientifique (je parle de Jean Staune bien entendu), conseillé par un membre de l'Académie des Technologies spécialiste de "modélisation" (avec des habitudes alimentaires matinales bizarres, je parle de Pierre Perrier) n'a pas été capable d'arriver à un bot aussi simple que celui que je présente ici, capable de dépasser des vallées... Et ce, durant les 20 dernières années.

C'est probablement dû à ce que j'ai nommé la "chute de QI induite" que l'on observe chez tout un chacun lors qu'il s'occupe de sujets qui ne lui tiennent pas à coeur, chez les néo-créationnistes en particulier lors qu'il s'agit de logique simple.

Enfin, maintenant on sait que c'est possible et que tous les raisonnements bâtis sur l'impossibilité prétendue par Staune pour résoudre ce problème doivent être revus entièrement.

Est attendu aux rayons des librairies outre-atlanique, le livre de Michael Behe "The Edge of Evolution", qui se base sur une série de réflexions très proches à celles que Jean Staune utilise. Les gens qui ont eu entre les mains les exemplaires destinés à la critique en parlent déjà.

Une critique qui m'évitera beaucoup de travail a été publiée par Marc Chu-Carroll (en, je demande autorisation de la traduire et de la publier ici ou sur mon blog). Certains trouveront le ton de Marc un peu trop polémique à leur goût. Je le trouve juste. La partie la plus marrante est que William Dembski, le matheux de la bande du Discovery Institute, n'ayant rien à répondre à la critique de fond, s'est fendu d'un post puant (en).

NB Si quelqu'un se sent l'envie de soigner un peu le code de l'Applescript je lui paie un pot à la première occasion. Si quelqu'un pourrait en faire un Java (ou autre) qui puisse tourner sur d'autres systèmes que Mac OS je lui paie deux pintes Je suis en train d'investir lourdement.

four pour Jean

Initialement posté Sur-la-Toile, le 26-05-2007 à 19:44

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Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens (The Book, chapitre XI, p. 310- 315)

Bon ! regardons maintenant autour de nous : où sont ces fours à micro-ondes et autres appareils "darwiniens" ? Serait-il possible que je sois le premier à avoir eu une idée brillante ? Bien sûr que non ! Depuis plus d'un quart de siècle, de nombreuses tentatives ont étét faites pour améliorer via des procédés non seulement des fours mais aussi des avions. Les résultats ? Echec total ! [...] p 311, §4

Il a raison Jean, il est loin d'être le premier a avoir eu cette idée brillante. Il a tort Jean, il y a plein de résultats issus aussi bien de la recherche académique que de l'industrie. Il y a même des industries qui en ont fait leur spécialité, comme Natural Selection ou Maxygen.

Comment est-ce possible qu'il ignore ne serais-ce que les cas qui sont cités sur le Net, par Talk Origins. Ces cas sont juste à un clic de distance de quiconque cherche le domaine et qui dispose d'une connexion Internet.

S'il y a échec total de quelqu'un c'est celui de Jean Staune, incapable de trouver les exemples qu'il pense inexistants. (Acoustics, Aerospace engineering, Astronomy and astrophysics, Chemistry, Electrical engineering, Financial markets, Game playing, Geophysics, Materials engineering, Mathematics and algorithmics, Military and law enforcement, Molecular biology, Pattern recognition and data mining, Robotics, Routing and scheduling, Systems engineering)

Dans le domaine de la biologie moléculaire l'utilisation de processus darwiniens pour obtenir des molécules qui ont une fonction améliorée (ou une nouvelle fonction) est relativement banal. Je passerai sur les exemples qui impliquent l'utilisation d'organismes vivants et je me concentrerai sur des systèmes in vitro. Mon exemple préféré est celui du DNA shuffling, dont le brevet est à la base de la création de Maxygen et de sa plate-forme MolecularBreeding™. L'article fondateur a été publié en août 1994, dans Nature, signé par Stemmer WP. d'Affymax Research Institute.

Pour ceux qui ne font pas un effort d'imagination, l'objection arrive immédiatement : "oui, mais là tu pars d'une protéine existante, il serait impossible de partir de rien et d'obtenir le même type de résultats". Pour éviter à Jean des commentaires inutiles, et puisque ses conseillers semblent ne pas être capables soit d'imaginer la chose soit consulter la littérature scientifique (pas plus que lui), je signale que des protéines non-biologiques, produites et ayant évolué in vitro sont également une vieille histoire, dont la dernière étape a été publiée dans PLoS ONE [open-access].

(d'autres lectures sur le sujet ici, ici, ici, ou ici.)

Nous sommes loin des calculs théoriques qui d'après Jean Staune et Pierre Perrier rendraient impossibles/incroyables l'apparition de molécules fonctionnelles de novo, ou de l'utilisation d'approches darwiniennes ou d'algorithmes génétiques en industrie.

Jean fini ce sous-chapitre en critiquant l'exemple de script que Dawkins a proposé pour montrer la puissance des algorithmes génétiques, critique qui porte sur l'intégration du but recherché dans le script, en tant que filtre de sélection oublie-t-il de préciser. La question a été largement débattue et je propose à ceux qui s'y intéressent de jeter un coup d'oeil sur Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!, par Dave Thomas, publié en juillet 2006, ce que Jean aurait dû lire avant de conclure sur une autre démonstration d'ignorance du sujet traité.

En conclusion :

a) les algorithmes génétiques sont utilisés en industrie et produisent,

b) les techniques darwiniennes sont utilisées pour obtenir des produits disponibles commercialement (depuis un moment),

c) des protéines obtenues de novo (non-biologiques) ne nécessitent pas des milliards d'années ou un Intelligent Designer, il suffit d'appliquer le couple mutations aléatoires + sélection pour les obtenir.

Le sous chapitre Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens devrait être réécrit entièrement dans la prochaine édition of The Book C'est dommage que les 20 dernières années l'auteur a échoué à identifier les exemples qui lui manquent, ce qui le fait conclure largement à côté de la plaque.

Enfin, réécrit ou ôté, si l'auteur/éditeur souhaitent vraiment parler d'enquête scientifique.

[addendum]

Pendant que Jean Staune (himself) m'apprend, dans le cadre d'une correspondance privée, où j'écrivais

Voyons voir ce qu'une andouille (aka Modeste Biologiste) puisse faire du ramassis de b qu'est le chapitre XI : prochain épisode "Jean Staune ignore ce qui se fait en usage industriel du modèle d'évolution darwinienne"

que

LA AUCUN PROBLEME MON CONSEILLIER EST PIERRE PERRIER DELEGUE GENERAL DE L’ACADEMIE DES TECHNOLOGIES
SI IL Y AVAIT QUELQUE CHOSE DE CONSÉQUENT IL SERAIT AU COURANT

des choses se passent dans le domaine de la biologie synthétique

Esperons que P P lit Newsweek ou ce forum, qu'il se tienne au courant.

D'une part ça me fait marrer, d'autre part je me dis qu'on est mal barrés avec des conseillers du genre (j'y inclus le spécialiste ès mycobactéries qui ne savait pas que ces bactéries avaient des plasmides bien entendu !)

NB Sur le site de l'Académie des Technologies je vois que le Délégué Général, Paul Parnière, a les mêmes initiales que le conseiller de Jean, mais il ne s'agit pas de lui.

[/addendum 28 mai 2007, 18:53]

pour Nox

Nox m'a demandé

Hello,
Pour que les néophytes, comme moi, puissent comprendre la portée des arguments, serait-il possible :

1. de faire un résumé du Lamarckisme et du Darwinisme (et/ou autre).
2. de faire un résumé des critiques portées à l'encontre de chacune.
3. de faire rapidement le point sur ce que cela à changé, d'un point de vue théorique (ToE VS Darwinisme "de base" par exemple)

J'ai préparé une version minimaliste pour poster à SLT, ne souhaitant pas faire diversion vers des sujets qui sortent du cadre technique, en espérant garder le fil centrer sur la théorie d'évolution en évitant les digressions philosophico-religieuses et la discussion à la con avec les personnages divers et variables qui ont des tendances anti-darwin.

La version ci-dessous est quant à elle plus proche de ce que j'avais initialement écrit et que j'ai censuré au fur et à mesure.

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En étudiant le biome on observe des variations, des changements, qui ont amené à l'abandon du fixisme qui est une des expression du créationisme de base, stipulant la création de novo de chaque espèce par un créateur. On parle aujourd'hui plutôt d'évolution (changement) du biome que de transformisme, le terme qui a été initialement utilisé.

Le "comment" ces changements sont produits est du domaine scientifique (et non plus religieux) et constitue la théorie de l'évolution biologique, le "pourquoi" ces changements sont, est du domaine philosophique avec des extensions au domaine religieux.

Lamarck proposa une adaptation au milieu ambiant, avec modification de caractère héréditaires pour produire les caractéristiques nécessaires à une meilleure adaptation. Ceci sous-entend un flux d'information du milieu vers le génome (qui n'a jamais été démontré) et une volonté d'amélioration, un objectif (qui est la raison pour laquelle le lamarckisme a le vent en poupe dans les milieu néo-créationnistes); c'est une approche téléologique.
Lamarck proposa deux lois, la première portant sur l'influence de l'usage d'un organe sur son développement ou sa détérioration, la deuxième étant le postulat de l'hérédité des acquis.

Cuvier, créationniste, partisan non pas du fixisme mais du catastrophisme ("moindre mal" pour expliquer les variations observées au registre des fossiles), a été le casse-pieds attitré de Lamarck et le responsable de l'inhibition de l'évolutionnisme européen. Contrairement à ce que l'on pourrait penser en se basant sur les réactions des créationnistes de nos jours, Lamarck en a pris plein la gueule, sa théorie attaquant le fixisme qui avait la cote à l'époque. Aujourd'hui, les néo-créationnistes tentent de se servir du lamarckisme, probablement en espérant y instiller un peu des démons qui les omnibullenttravaillent.

Le génie de Lamarck réside à la proposition d'une arborescence évolutionnaire. Son erreur est le postulat que le processus de branchement est dû à l'adaptation (pour lui l'adaptation est la cause du branchement).

Plus tard, Darwin proposa une variation aléatoire des caractères (3) associée avec une sélection de facto, des combinaisons ainsi produites, par le milieu (4). Le processus de branchement de l'arbre évolutionnaire est dû à des mutations aléatoires dont certaines sont sélectionnées par le milieu; l'adaptation est une conséquence de ce processus et non plus la cause. Ceci sous-entend qu'il n'y a pas d'objectif, ni de sens, des processus évolutifs (5); c'est une approche non téléologique.

Ni Lamarck, ni Darwin n'avaient la possibilité de répondre à la question "comment ?" ça se passe. Leurs modèles ne sont à ce stade que des hypothèses intuitives essayant d'expliquer le mécanisme fondamental du processus évolutif. La différence essentielle des deux approches étant la cause de l'apparition de la diversité du biome et si l'adaptation en est la cause (Lamarck) ou la conséquence (Darwin).

Cette différence est à la base de la façon dont les deux théories sont considérées par une fraction des néo-créationnistes : le darwinisme prônant une causalité naturelle, non-directionnelle, le lamarckisme laissant une place pour un mécanisme d'adaptation d'origine déiste ou théiste (suivant les sensibilités, surnaturelle quand même) inclus dans le design du biome (voire de l'univers).

Aujourd'hui nous sommes loin des hypothèses de départ.

Mendel a apporté le premier les éléments qui ont permit la transformation du darwinisme, les lois de l'hérédité, qui montrent l'indépendance des caractères héréditaires et forment la base de la définition du "gène". La synthèse à la quelle on se réfère encore aujourd'hui en tant que néo-darwinisme intègre de darwinisme et la génétique.

Le mendélisme a apporté une nouvelle source de variance au chapitre mutations, la recombinaison génétique. On oublie souvent ce détail qui fait de la reproduction sexuée un processus d'évolution particulièrement efficace, permettant de la combinatoire à partir de quelques mutations.

Viennent ensuite l'identification des supports génétiques, de leur nature chimique et susceptibilité aux changements (mutations), puis de l'organisation de l'information génétique et de ses flux, qui progressivement ont transformé le darwinisme en néo-darwinisme, une synthèse de diverses théories qui ne se contredisent pas, mais se complètent en renforçant l'une l'autre. Aucune des additions n'a remis en cause le caractère aléatoire de l'apparition de la variation biologique, qui reste l'élément central de la théorie de l'évolution biologique.

Au fur et à mesure que le darwinisme s'est renforcé, le corpus des connaissances autour de l'évolution du biome se constituant, étant de mieux en mieux compris et surtout bénéficiant de données expérimentales qui en ont testé divers aspects, le lamarckisme s'est estompé, restant au stade d'hypothèse qui n'a jamais été validée par des données expérimentales.

Les discussions (qui peuvent être proches du pugilat par moments) au sujet de la théorie de l'évolution biologique portent aujourd'hui essentiellement sur l'importance relative des mutations et de la sélection naturelle dans le processus global de variation du biome et semblent aboutir peu à peu à des consensus au fur et à mesure qu'elle mûrissent. L'idée qu'il puisse y avoir des darwiniens forts et faibles est une vision de néo-créationniste qui ne comprend pas la théorie de l'évolution biologique, eg Jean Staune, qui en fait toute une salade dans son bouquin.

Les créationnistes ont essuyé plusieurs revers au fur et à mesure que l'évolutionnisme s'est installé, le pire étant porté par le darwinisme qui ôte la possibilité d'attribuer un caractère sacré à la causalité du processus évolutionnaire, y compris l'hypothèse d'un mécanisme d'adaptation, à la Lamarck, built-in qui aurait fait évoluer le biome vers l'homme. Il est ainsi devenu l'ennemi public n° 1 de la grande majorité des créationnistes. Certains ont réussi à s'en accommoder de façon fort pratique, en rejetant l'intervention divine soit à l'origine du biome, soit plus loin encore, à l'origine de l'univers, faisant de l'existence du surnaturel une hypothèse non testable, donc pas scientifiquement acceptable. Que quelque chose ne soit pas scientifiquement acceptable n'est pas un problème, il peut être accepté d'un tas d'autres façons. Sinon nous ne tomberions pas souvent amoureux, n'est-ce pas ? Et nous ne ferions pas d'art non plus.

D'autres ne se contentent pas de cet état des choses, pensant que la science pourrait/devrait s'accommoder du surnaturel et donc d'hypothèses gratuites, du genre du Flying Spaghetti Monster; le label "scientifique" leur semblant le seul moyen d'être pris un peu au sérieux.

Le spiritualiste qui souhaite qualifier sa démarche spirituelle de scientifique se doit d'être opposé au darwinisme, contraint (par l'évidence) à adhérer à l'évolutionnisme; souvent il adopte le lamarckisme comme voie de sortie d'un dilemme autrement insoluble. Remplaçant une hypothèse (l'existence du surnaturel) par une autre (l'adaptation comme cause de la diversification). Une hypothèse religieuse par une qui pourrait passer encore pour scientifique et qui sert de base à des édifices pseudo-scientifiques.
Je ne dis pas que l'hypothèse de Lamarck était pseudo-scientifique, mais qu'elle sert de base à des constructions pseudo-scientifiques. Du temps de Lamarck il aurait été acceptable, aujourd'hui ça me paraît ridicule.

Il est intéressant de noter que les néo-lamarckistes restent soit à l'état d'hypothèses, soit à la critique du "non expliqué", qu'ils présentent plus volontiers comme "non explicable", entendre "non-explicable par le darwinisme".
Cette attitude est également typique des néo-créationnistes de tout bord (même si tous les néo-lamarckistes ne peuvent être considérés comme des néo-créationnistes). Elle est particulièrement visible chez les néo-créationnistes du genre Intelligent Design qui se contentent de "ne pas comprendre comment le darwinisme pourrait expliquer" un cas de figure ou l'autre, le temps que les biologistes apportent une réponse, puis reculant un petit peu plus. Les deux exemples les plus célèbres restant le système immunitaire et les flagelles bactériennes, avec comme chef IDiot Michael Behe.

En général, les critiques contre la théorie de l'évolution biologique sont issues des créationnistes, partant des YEC pour en arriver à des micro-mouvements comme celui de l'UIP.

Imaginons un instant que l'on découvre un mécanisme d'adaptation comme celui imaginé par Lamarck. Par exemple qu'une bactérie se rend compte que l'infirmière apporte les cachets d'antibiotique et qu'il se met à muter ses gènes pour résister. (je sais, je caricature et alors ?). Ca serait très intéressant. Mais ça n'avancerait en rien les créationnistes, sauf si bien sûr le dit mécanisme est estampillé "Made by God".

Une critique plus originale, mais aussi inepte, est celle de Vincent Fleury, que je mentionne ici parce qu'il y a eu une longue discussion à son sujet sur les forums de SLT et que Nox l'a peut-être suivie.

Fleury traite le darwinisme de faiblard et lui reproche de ne pas traiter de la forme des animaux ! La critique est originale parce que elle ne tient absolument pas compte de ce que le darwinisme est. Suivant la même logique, que celle que Fleury applique au darwinisme, on pourrait reprocher à l'algorithmique de ne pas traiter du design des machines sur lesquelles le programmes sont exécutés. Et je ne parle pas du design externe, mais du design des processeurs.
Je comprends qu'il souhaite promouvoir ses idées, mais de là à faire affichage d'ignorance du contenu d'une théorie scientifique c'est un peu trop pour que ça passe sans commentaire.
Par contre il ne pipe pas mot quant à la façon dont sa théorie explique le caractère héréditaire des formes :-)

mycobactéries

En 1928, Frederick Griffith, travaillant sur les différences entre des souches pathogènes ou non de Diplococcus pneumoniae, fait la preuve qu'il existe ce qu'il appelle à l'époque un "facteur transformant", qui peut être transféré de bactéries pathogènes mortes et lysées à des bactéries bénignes, pour les transformer en pathogènes. Le transfert de caractères de façon horizontale entre souches bactériennes différentes est élégamment démontré, par une expérience simple. Il faut attendre 1943 pour que O.T. Avery et al. identifient le "facteur transformant" et annoncent que c'est l'ADN. En 1945, J. Lederberg fait la preuve du transfert de matériel génétique d'une souche bactérienne à l'autre, par conjugaison bactérienne. Par une série d'expériences simples et catégoriques, qui lui valent l'honneur d'un prix Nobel de médecine en 1958. Quiconque s'intéresse un tant soit peu aux problèmes de mulri-résistance aux antibiotiques, est au courant du transfert horizontal des gènes entre bactéries. Y compris entre myco-bactéries (ce qui n'exclut pas les échanges avec d'autres espèces bactériennes). Surtout en milieu hospitalier lieu de rencontres des souches ayant été sélectionnées par des traitements divers, ou chez des populations de patients qui reçoivent des cocktails d'antibiotiques à cause de fragilités particulières, y compris l'immuno-depression due au VIH. Au sous-chapitre "Le darwinisme est-il dangereux pour votre santé ?", Jean Staune fait preuve d'une ignorance totale du phénomène. Il part sur une analyse biaisée, par le fait qu'elle suppose que pour qu'une bactérie devienne résistante à quatre antibiotiques différents, il lui faudrait subir quatre mutations indépendantes, phénomène effectivement très rare, concluant qu'il est heureux que la Terre ne puisse supporter "un million de tonnes de bacilles de tuberculose". Quantité qui d'après lui serait nécessaire pour expliquer l'apparition de souches de Mycobacterium tuberculosis résistantes à quatre antibiotiques, en 25 ans. La conclusion finale, qu'il en tire, est : "Cela défie toutes les statistiques basées sur les modèles darwiniens et suggère fortement, là aussi, l'existence de mécanismes néolamarckiens." Malheureusement, les mycobactéries acquièrent des résistances par échange d'ADN plus souvent que par mutation. Comme toutes les bactéries. Horizontal Gene Transfer Database, pour ceux qui veulent en apprendre plus, et vivement conseillée à Jean, dont M. tuberculosis ici

Jean Staune ignore dans son raisonnement le transfert horizontal des gènes entre bactéries, qui abolit ses prétentions à des hypothétiques mécanismes néolamarckiens. Soit par ignorance, soit par choix. Quelle qu'en soit la raison, le lecteur est berné vers une conclusion qui mériterait de passer à la poubelle directement. Et ce n'est pas la seule, juste la première.

note à travailler

The key to the bacterium's ability to enter environmental amoebas -- and ultimately humans -- is an "island" of genetic material acquired through evolution from another bacterium, according to Luiz E. Bermudez, a professor of biomedical sciences in OSU's College of Veterinary Medicine and an author of the study. "Without these acquired genes, the bacterium is very inefficient in infecting environmental amoeba, which is the environmental host," Bermudez said. "In fact, its efficiency is close to zero. But with this 'island' of acquired genetic material, the bacterium finds a way to get inside the cells and it takes control, not the phagocyte."

starter

Jean Staune dit que ma critique (08-04-2007 à 19:18) de son livre n'est pas objective et il me traite de malhonnêteté (20-04-2007 à 11:56). Je ne dirais pas que je n'ai pas des "a posteriori" envers Jean Staune. Je l'ai pratiqué un peu et je connais sa façon de discuter, fuyante, les bourdes cachées derrière le mot "humour", l'élément majeur de persuasion qu'il utilise la répétition (souvent en majuscules, mais il s'améliore) ad nauseam des mêmes absurdités. Jean Staune se présente comme catholique, un catholique hérétique certes (01-10-2006 à 15:34), qui n'a que faire du dogme de son église tel que défini par un pape (voir aussi 30-09-2006 à 17:58), mais comme c'est un converti (un transfuge de l'église orthodoxe) je suppose qu'il est vraiment croyant et que sa conversion n'était pas un mouvement de social networking. Je considère que se présentant comme tel il affirme sa croyance à un Dieu créateur de l'univers et qu'il espère vraiment disposer d'une âme créée par Dieu auprès duquel il y retournera, et son adhésion aux a priori que sont les intuitions des grandes religions. Jean Staune il n'arrête pas de clamer qu'il a une démarche scientifique et il a même ajouté en sous-titre de son ouvrage "enquête scientifique" ! Je m'emploierai à montrer que sa démarche est malhonnête. Le mot est en italique parce que je ne dispose pas de suffisamment de données pour savoir si c'est de la malhonnêteté franche, celle du manipulateur d'opinion qui se ferait du fric sur le dos des croyants, de celui qui serait en business, ou si c'est de la malhonnêteté intellectuelle, celle de l'ignorant qui fait semblant de savoir de quoi il parle pour défendre son point de vue à coups d'illusions de logique et des mensonges par omission. Son ouvrage est orienté, il lui a donné un sens dès le début et on en trouve trace même dans le choix des mots. Prévoyant, Jean Staune déclare seuls objectifs pour juger son livre ses amis : "Oui même membre de l'UIP j'affirme que d'espagnat est bien plus objectif que oldcola et que VOUS pour jugez de mon livre" 20-04-2007 à 11:56. Je laisserai aux autres le soin de savoir si ma critique est objective ou malhonnête et les commentaires sont les bienvenus.

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