Jean Staune zététicien! Allons donc...

Viens de poster ça sur la liste "zététiciens".

Jean Staune se planque derrière une fausse indignation pour ne pas répondre aux critiques de son bouquin et de ses non-sens en général. Et maintenant il se met à la jouer zététicien. Hilarant.

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Salut la liste, Jean Staune,

Comme je disais Jean, ce n'est pas ton opinion qui m'intéresse, mais celle des autres.Le fait que tu te répètes ne rends pas plus véridiques tes propos.

oui et ils sont accablant pour toi 

Oh Eccles sur la réorganisation fabuleuse du cerveau des singes pour qu'ils puissent marcher débout [...].

C¹est bien la preuve de ton obscurantisme

Non, c'est plutôt la preuve qu'Eccles (comme tout le monde) était capable d'en sortir une "grosse".

[A propos de Heim] Non, au sujet de l¹intérêt du film ³homo sapiens une nouvelle histoire de  l¹homme² que tu trouve méprisable, nul, comme l¹avis de Eccles sur la transition singe- homme, comme les thèses de Vincent Fleury, comme etc... La  liste est infinie.

A la théorie de Vincent Fleury j'ai consacré beaucoup de temps et je pense avoir un avis bien meilleur que le tien . Même pas une théorie au sens scientifique du terme, juste une hypothèse, de l'avis de l'éditeur en chef  ayant publié ce que VF considère une publication soutenant sa théorie.

Où est-ce que tu as lu que je trouve méprisable et nul le documentaire de Thompson ? Je peux te trouver des liens où je dis du bien des observations de Dambricourt et du mal de son interprétation en termes d'évolution , la confusion venant sinon pas de ses croyances religieuses simplement, de sa confusion des termes génotype et phénotype.

Justement tu es parfaitement capable sur certains blogs de faire des distingos subtils et ailleurs tu traite de créationnistes tous les croyants. C¹est de la malhonnête à l'état pur,  je cite : ³Je trouve ridicule de dire qu'on croit en un dieu créateur et ajouter qu'on n'est pas créationniste²

Tous les croyants en un créateur de l'univers sont créationnistes. Et je ne suis pas le seul à le penser, non plus.
Et il y a plusieurs courants, je fais toujours le distingo. T'es pas capable de comprendre une choses aussi simple ! Dommage pour toi.
Bonne citation, merci. Je pense que tu peux aussi en tirer mon avis te concernant.

Tu vois bien que ta duplicité est telle que tout dialogue avec toi est une  absurdité. De t¹étonne pas que je ne te réponde  plus ni ici ni ailleurs ;  c¹est de ta faute!

Le fait que "tu n'est pas capable"/"tu ne veux pas comprendre" des choses simples, n'est pas une indication de duplicité de ma part, mais soit d'incapacité de comprendre, soit d'absence de volonté de comprendre de ta part.
Je n'arrive pas à décider si c'est de l'incapacité ou la volonté de préserver ton marketing. Ou un mélange des deux ?
Le fait que tu ne souhaites pas répondre est juste une indication du fait que tu en es incapable.

Tu te rangerais dans laquelle de tes deux catégories  ? [de créationnistes]

moi je suis super évolutionniste

Super-évolutioniste ! Mazette ! Je pense qu'il te manquent plusieurs heures de cours de biologie pour savoir ce que l'évolution biologique signifie, pour commencer.
Mais encore une fois tu réponds à côté de la question posée. Quel type de créationniste es-tu?

ta malhonnêteté dépasse ( pour la centième fois au moins) les bornes  : tu sais très bien que le terme ³créationniste ³ sera assimilé par 99% des gens à de la biologie ( créationniste = personne qui refuse l¹idée d¹un ancêtre commun aux êtres vivants) et non pas à des catégorie théologiques

Je sais très bien que les termes YEC et OEC sont en usage courant, ainsi que IDC. Fabrice Gabarrot a offert à la liste les définitions en cours.
Je cherche de quel terme je pourrais qualifier le créationnisme que l'UIP, à travers toi, secrétaire perpétuel, est en train de promouvoir, financé par le John Templeton Foundation. Tu es certes un cas particulier, entre toutes les inanités anti-darwinistes que j'ai lu/entendu, tu sembles dans ton indécision faire feu de tout bois. Jusqu'au néo-lamarckisme compris, espèce de super-évolutionniste, va
YEC : Young Erth Creationist, OEC : Old Erth Creationist, IDC = Intelligent Design Creationist.

Oh, McFadden, l'expert ès mycobactéries qui ne savait pas qu'ils ont des plasmides

Soyons zététicien je croirais à la présence des plasmides dans les mycobactéries quand je les verrai de mes propres Yeux et certainement pas sur la foi de liens posté par toi!-)-)

Merde alors ! Les liens postés par Adriatika au forum de Sur-la-Toile sont les publications de l'institut Pasteur, mes liens pointent vers la littérature scientifique en général et toi tu veux voir les plasmides de tes yeux. A tes cours de biologie alors, et un diplôme de plus pour notre touche-à-tout, sais-rien, et qui la joue zététicien pour couvrir les bourdes des copains.

Et Perrier, penses-tu qu'il pourra donner une réponse ? Pas la peine qu'il  passe du temps, n'importe qui, toi et lui compris, peut vérifier qu'il a tort.  Pas la peine de discuter devant un résultat

C¹est pas un résultat c¹est une plaisanterie ( pour le moment ;peut être  feras- tu mieux un jour... Peux être pas)

Eh non, ce n'est pas une plaisanterie, c'est un mini-script qui met l'argument Perrier/rapporté par Staune à terre. Imparable !
Je te concède qu'il y a eu deux clins d'oeil.
Le premier le nom : JeanWalker, à l'honneur de l'informaticien que tu es.
Le deuxième, la version 2.4, destinée à Vincent Fleury, dont le téléologisme et la sympathie envers toi ont propulsé au piège qui t'était destiné. (je la mettrai en ligne, fort amusante, je l'avais oublié presque)

 Ton offre signifierait que la fréquentation du forum a baissé ?

Non  c¹est parce que j¹ai tellement de compliments élogieux que je peux me permettre d'être magnanime

Si on filtre les critiques négatives on arrive à 100% de critiques positives Je ne dirai pas ce que je pense vraiment de la méthode et de ceux qui l'utilisent; surtout ceux qui se targuent d'être ouverts au débat.

je répondrai à toutes les critiques (quand j¹aurai le temps pour l¹instant je faits des conférences dans toute la France) ici sauf aux tiennes. Pour que je réponde sérieusement à tes critiques, il faut au minimum que tu retires touts les post ou tu me traite de créationniste.

Mais mon pauvre Jean, tu es créationniste. Je ne te traite pas de quoi que ce soit, je tire les conclusions de ton credo. Pas YEC, mais créationniste quand même. Quel type de créationniste ? Opportuniste. Sur quel base ? La croyance.

Et  surtout incapable de défendre tes thèses. Mais que va rester de The Book si ça continue comme ça ? La couverture...
Au fait, la traduction en anglais elle en est où ? Il y en a qui l'attendent pour la critique.

Et ne sois pas boudeur STP, assumes toi.

OC

PS

Jean Staune - Marcel-Paul Schuetzenberger - algorithmes genetiques

[addendum 10/04/2008 19:40]

Merde, merde, merde !

J'étais tellement dans mes considérations de biologie synthétique en écrivant ce post, que j'ai oublié un exemple frappant d'évolution qui a fait le tour du Net, grâce à la discussion entre SA Smith de ERV et ....
La cible de cette entreprise "je te tourne au ridicule", qui a été flamboyante (starting point), est ce pauvre Michael Behe, qui a fait une loooongue tirade sur le HIV dans son bouquin The Edge of Evolution: The Search for the Limits of Darwinism.

D'un côté le Prof. Michael Behe, soutenant la thèse que l'évolution darwinienne ne peut pas générer de la complexité, des nouvelles fonctions. De l'autre côté l'étudiante SA Smith, démontrant que Behe n'avait pas fait sa bibliographie avant d'écrire des âneries.(me fait penser que quelqu'un d'autre ne semble pas faire sa bibliographie avant d'écrire des âneries :-) )
Behe a réussi au moins à démontrer ses limites à défaut de trouver celles du darwinisme. Exit Michael Behe.

Le même exemple met la position de Marcel-Paul Schuetzenberger à terre, aussi efficacement que ceux cités ci-dessous, mais en plus il est observé hors laboratoire. Pour éviter qu'on dise que ce n'est que sous une sélection artificielle que le darwinisme fonctionne.

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Quand on a essayé de faire marcher un machin et qu'on n'y arrive pas, il y a deux façon de considérer la chose. Soit ça ne peut pas marcher, soit on est incapable de le faire marcher.

Marcel-Paul Schuetzenberger a essayé de faire marcher les algorithmes génétiques et il n'est pas arrivé. Il a conclu qu'ils ne marchaient pas et a continué le raisonnement pour aboutir à la conclusion que la théorie de l'évolution ne marchait pas. De la part d'un grand mathématicien c'est un comportement qui n'est pas inhabituel. Lors de la conférence Wistar, où il a exposé ses vues, il semble que les biologistes ont tenté de lui expliquer que ses travaux ne les intéressaient pas, sans résultats probants.

Nous sommes bien loin de la conférence Wistar. On peut être tenté de voir où en sont les algorithmes génétiques aujourd'hui, et comparer avec le travail de Marcel-Paul Schuetzenberger pour savoir si son opinion de jadis est aujourd'hui encore valable. Ou on peut se placer du côté des biologistes de jadis et voir si aujourd'hui la biologie a des nouveautés à proposer du domaine de l'apparition de complexité par des processus aléatoires évolutifs.

Je suis toujours du côté de l'évidence expérimentale. Ainsi, pour prouver que les conclusions de Marcel-Paul Schuetzenberger étaient erronées, je préfère faire appel à des réalisations de laboratoire en premier lieu.

Je suppose qu'un mathématicien de l'époque de M-P S n'avait pas nécessairement entendu parler d'évolution in vitro de séquences protéique pour les améliorer. Ou des techniques de sélection de séquences (protéines ou acides nucléiques) à partir de banques combinatoires suivies d'une ou plusieurs séquence d'évolution in vitro. Ou de calcul de structure de protéine à l'aide de réseau d'ordinateurs distribué, suivi de synthèse et d'évolution in vitro pour améliorer l'enzyme résultante. Encore moins de protéines non-biologiques. Ce sont là des exemples de résultats disponibles, dont l'industrie pharmaceutique tire profit pour l'amélioration des procédés de production des médicaments.

Des résultas d'algorithmes génétiques, pas des résultats de simulations, mais des molécules utiles in Real Life.

On pourrait s'arrêter juste là, ayant montré que l'opinion de Marcel-Paul Schuetzenberger était basée sur une approche erronée du problème sur le plan théorique, contredite par la simple expérience. Je pardonnerais volontiers l'ignorance de Marcel-Paul Schuetzenberger.

Mais certainement pas l'ignorance de Jean Staune, qui nous dit avoir menée une enquête scientifique (soustitre de The Book : une enquête scientifique et philosophique) et qui semble être passé à côté des publications de ces travaux. Il devrait être lui au courant que les résultats de Marcel-Paul Schuetzenberger étaient erronés, et avoir la décence de ne plus les évoquer dans une discussion sérieuse.

On pourrait s'arrêter là. Mais le travail des mathématiciens pour produire des environnements au sein desquels l'évolution peut-être observée sont fascinants aussi et il n'y a aucune raison de bouder notre plaisir. Alife, pour Artificial Life en est à disposer d'un article sur Wikipedia, qui pourra servir de tremplin à ceux qui se sentiraient intéressés. Ma préférence (mais nous en sommes là au niveau des goûts, donc ce n'est pas un argument, juste un conseil) va à breve, sous licence GPL, qui tourne sous Mac OS X (mais aussi Windows et Linux).

M-P S n'en disposait pas; je pense qu'il aurait revu son opinion. Jean Staune, détenteur d'un diplôme de mathématiques et/ou informatique, peu en disposer gratuitement. Il pourra ainsi revoir son opinion sur les algorithmes génétiques. Il pourra aussi consulter les articles sur a question publiés sur Panda's thumb. A commecer par le post de Wesley R. Elsberry.

Ainsi, après Pierre Perrier, exit Marcel-Paul Schuetzenberger.

JeanWalker 2.1

Ceci est la suite de JeanWalker, initialement publiée Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 19:53

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C'est fou l'effet que ça peut faire deux Perrier, consommés dans l'ambiance amicale d'un pub, à la qualité de mon code. Certains prétendront que c'est les sourires des filles alentours qui m'améliorent et je n'essaierai pas de les contre-dire.

Voici donc JeanWalker 2.1

Le paysage peut être plus complexe et est facile à définir par une série de nombres indiquant chacun le maximum d'un domaine. Les domaines ayant tous une base égale à l'unité.

Ainsi, set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6} est un paysage correspondant à :

Le critère d'abandon de la boucle d'évolution de JeanWalker est le dépassement du dernier domaine, pas du maximum de y, mais du maximum de x.

Voici ce qu'un simple "run" donne :

On voit que JeanWalker passe les "vallées" bien à l'aise, il grimpe aux sommets et continue son errance de façon aléatoire. C'est bien plus satisfaisant qu'une seule petite vallée, n'est-ce pas ?

Le "chemin" parcouru, ains que le nombre d'étapes avant que JeanWalker tente de dépasser le dernier domaine est variable et imprévisible, bien entendu.

Le "code" largement amélioré est ci-dessous, commenté pour m'éviter un organigramme.

-- description du paysage
set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6}
--initialiser le presse-papier, où les résultats seront stockés
set the clipboard to ""
--placer JeanWalker aux starters
set x to 0
set y to 0
--tend détermine la longueur du "pas" vers le haut
set tend to 0.1
--boredom est la mesure de l'ennui de JeanWalker quand il n'arrive pas à progresser vers le haut
set boredom to 0
--pierre will be used to store the threshold of the last domain
set pierre to 0
-- evolving peut être utilisé pour accélérer la "marche en avant" de JeanWalker; j'ai ajouté ça pour ceux qui ont des machines lentes. A "1" la probabilité d'avancer ou reculer est égale. Si on diminue la valeur le recul est affecté "set x to x + ((thesign * boredom) * evolving)"

set evolving to 1
-- départ
repeat
set previous_y to y -- mémoire à case unique
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
-- arrivée
exit repeat
end try
if y + tend ? domain then
-- grimper si possible
set y to y + tend
else
-- sinon rester sur le "haut du pavé"
set y to domain
end if
if previous_y = y then -- si ça n'avance pas vers le haut
set boredom to boredom + 0.1 - tu t'ennuies
-- vers où aller ? avant ? arrière ? attendons un signe
if (random number {}) < 0.5 then -- aléatoire le signe !
set thesign to 1
set x to x + (thesign * boredom) -- en avant
else
set thesign to -1
set x to x + ((thesign * boredom) * evolving) - en arrière; éventuellement de façon modérée par "evolving"
end if
-- rester dans le paysage
if x ? 0 then set x to 0
if x > (count of landscape) then set x to count of landscape
else
set boredom to 0
end if
-- après un changement de x de façon aléatoire verifier que JeanWalker n'est pas suspendu à l'air, ce n'est pas encore JeanFlyer (prochain épisode)
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
set domain to last item of landscape
end try
if y > domain then set y to domain
-- noter les coordonnées de l'étape et recommencer tant que Jean Walker n'essaie pas de sortir du paysage par la droite.
set the clipboard to (the clipboard) & x & tab & y & return
end repeat
-- prévient qu'il est temps de regarder les résultats !
beep

Script pour les Mac User, n'allez pas me dire que c'est comparable avec les superordinateurs des fabricants d'avions parce que j'aurais tendance à y croire.

JeanWalker

Initialement poste à Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 18:55

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J'ai interrompu mes commentaires du sous chapitre "recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens pour répondre à la demande de Nox.
Entre temps, à l'occasion de l'échange de quelques e-mails avec Staune, j'apprenais que Pierre Perrier, un de ses conseillers de Staune, bouffe au petit déjeuner des généticiens comme moi ! Effrayé par la menace qui plane au dessus du Modeste Biologiste™ que je suis, j'entreprends quand même une critique des paragraphes p 313 §4 à p314 §3.

Pierre Perrier, spécialiste de la modélisation (on ne sait pas de quoi sur quoi mais passons), est mentionné par Staune au sujet d'un de ses articles parus dans L'evoluzione : crocevia di scienza, filosofia e teleologia Editions Studium, Rome, 2005, intitulé "Que nous apprend l'analyse mathématique de la micro et de la macro-évolution". Staune utilise une analogie, bien choisie pour prétendre que un "algorithme de contrôle optimal" est nécessaire pour résoudre certaines situations.

Utilisons une analogie : un robot peut arriver au sommet d'une montagne avec un jeu d'instructions très simple l'amenant à grimper toujours plus haut, s'il peut gravir la montagne de façon régulière et en ligne droite. Mais s'il doit monter, redescendre, chercher son chemin, remonter, redescendre, etc. , pour arriver au sommet, alors il faut :

• soit que le robot sache qu'il a un but à atteindre
• soit que, avant de commencer à redescendre, le robot explore à distance les chemins qui lui permettent de remonter.

J'espère que ce passage n'a pas eu l'approbation de PP mangeur de généticiens comme moi et spécialiste de la modélisation. Et que l'erreur incombe uniquement à Jean Staune.

Je reprends donc l'analogie du robot de Jean Staune pour construire un bot sous forme de script (que j'ai nommé JeanWalker) qui ne sait pas qu'il a un but à atteindre (d'ailleurs ce n'est pas qu'il ne le sait pas, c'est qu'il n'en a pas tout court, faut avoir l'esprit contaminé par le téléologisme pour vouloir à tout prix qu'il y ait un but), qui n'a aucun moyen d'explorer à distance les chemins qui lui permettent de remonter mais qui arrive à dépasser un minimum local sans problème.

L'algorithme a été conçu à l'aide d'un sous-bock approprié (sans impression à l'envers) et d'un porte-mine 0.7 mm, au cours de la consommation de la quatrième pinte de stout de la soirée, par un Modeste Biologiste; il a fallu un peu moins de 40 sec.

L'implémentation est en Applescript (seul outil de programmation que ledit MB maîtrise vaguement) et le script est donné ici (Applescript, donc besoin d'un Mac) au profit de ceux qui veulent vérifier qu'il n'y a pas de "contrôle optimal" inclus; deux cafés ont été consommés pendant ce travail inhumain pour un programmeur du dimanche, et comme je dis souvent, programmeur du dimanche 29 février :-)

Pour tester JeanWalker j'ai dessiné un paysage simple, constitué d'un premier sommet A, d'une vallée B et d'un deuxième sommet C. Le bot est toujours placé en bas à gauche du paysage (point rouge) et il est "lâché".

JeanWalker "monte" tant qu'il peut. S'il n'arrive plus à monter (ayant atteint l'optimum local A) il s'ennuie et commence à se déplacer horizontalement, de façon aléatoire. Eventuellement, à un moment il finira par "tomber" dans la vallée B et il continue son chemin erratique jusqu'à pouvoir à nouveau "monter", sur le sommet C. S'il atteint les coordonnées [6, 6] le script s'arrête de tourner et rend la main avec l'historique dans le presse-papier. On peut alors le coller dans un tableur et tracer le graph du déplacement, pour mieux visualiser ce qui s'est passé.

Invariablement, après un nombre de "tours" plus ou moins important (imprévisible, le changement de coordonnées x étant aléatoire) JeanWalker atteint les coordonnées [6, 6] ! Mazette !

Et ce sans qu'il ait un but et sans pouvoir explorer à distance quoi que ce soit. Voici le graph de deux historiques.

Et voici le graph du nombre d'étapes nécessaires pour 12 run de JeanWalker. Ca n'a aucune importance ici, mais je reviendrai sur ça un peu plus tard, en continuant la critique de The Book.

Et quelques remarques associées qui serviront pour la suite de ma critique.

Quand le script s'arrête, on sait que JeanWalker se trouve aux coordonnées [6, 6]. On connaît par ailleurs le mécanisme qui lui a permis d'atteindre ce point. Mais tant qu'on n'a pas examiné le contenu du presse-papier (qui correspond à l'historique), nous sommes incapables de dire quel chemin a été parcouru. Il en va de même de l'évolution d'une espèce : on connaît le mécanisme, on connaît le résultat, mais nous sommes incapables de donner le chemin exact, personne n'ayant enregistré les diverses étapes. On peut avoir une approximation grâce au "registre des fossiles" mais elle est partielle et ne peut pas être basée sur les génotypes, l'ADN n'étant pas souvent accessible.

Le nombre des chemins est quasi-infini (à la précision de la machine près pour les décimales et du nombre d'étapes nécessaires). Ce qui fait que la probabilité que deux run produisent des graphs identiques est très faible.

Si on n'arrête pas le script sur la condition [6, 6], il continue tranquillement son chemin. L'arrêt n'est là que pour pouvoir récupérer les données, ce n'est pas un contrôle quelconque de l'historique.

Je reviendrai sur ces points plus tard donc.

La question se pose : Comment quelqu'un qui a fait des maths et de l'informatique au niveau bac+5 et dit avoir réalisé une enquête scientifique (je parle de Jean Staune bien entendu), conseillé par un membre de l'Académie des Technologies spécialiste de "modélisation" (avec des habitudes alimentaires matinales bizarres, je parle de Pierre Perrier) n'a pas été capable d'arriver à un bot aussi simple que celui que je présente ici, capable de dépasser des vallées... Et ce, durant les 20 dernières années.

C'est probablement dû à ce que j'ai nommé la "chute de QI induite" que l'on observe chez tout un chacun lors qu'il s'occupe de sujets qui ne lui tiennent pas à coeur, chez les néo-créationnistes en particulier lors qu'il s'agit de logique simple.

Enfin, maintenant on sait que c'est possible et que tous les raisonnements bâtis sur l'impossibilité prétendue par Staune pour résoudre ce problème doivent être revus entièrement.

Est attendu aux rayons des librairies outre-atlanique, le livre de Michael Behe "The Edge of Evolution", qui se base sur une série de réflexions très proches à celles que Jean Staune utilise. Les gens qui ont eu entre les mains les exemplaires destinés à la critique en parlent déjà.

Une critique qui m'évitera beaucoup de travail a été publiée par Marc Chu-Carroll (en, je demande autorisation de la traduire et de la publier ici ou sur mon blog). Certains trouveront le ton de Marc un peu trop polémique à leur goût. Je le trouve juste. La partie la plus marrante est que William Dembski, le matheux de la bande du Discovery Institute, n'ayant rien à répondre à la critique de fond, s'est fendu d'un post puant (en).

NB Si quelqu'un se sent l'envie de soigner un peu le code de l'Applescript je lui paie un pot à la première occasion. Si quelqu'un pourrait en faire un Java (ou autre) qui puisse tourner sur d'autres systèmes que Mac OS je lui paie deux pintes Je suis en train d'investir lourdement.

four pour Jean

Initialement posté Sur-la-Toile, le 26-05-2007 à 19:44

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Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens (The Book, chapitre XI, p. 310- 315)

Bon ! regardons maintenant autour de nous : où sont ces fours à micro-ondes et autres appareils "darwiniens" ? Serait-il possible que je sois le premier à avoir eu une idée brillante ? Bien sûr que non ! Depuis plus d'un quart de siècle, de nombreuses tentatives ont étét faites pour améliorer via des procédés non seulement des fours mais aussi des avions. Les résultats ? Echec total ! [...] p 311, §4

Il a raison Jean, il est loin d'être le premier a avoir eu cette idée brillante. Il a tort Jean, il y a plein de résultats issus aussi bien de la recherche académique que de l'industrie. Il y a même des industries qui en ont fait leur spécialité, comme Natural Selection ou Maxygen.

Comment est-ce possible qu'il ignore ne serais-ce que les cas qui sont cités sur le Net, par Talk Origins. Ces cas sont juste à un clic de distance de quiconque cherche le domaine et qui dispose d'une connexion Internet.

S'il y a échec total de quelqu'un c'est celui de Jean Staune, incapable de trouver les exemples qu'il pense inexistants. (Acoustics, Aerospace engineering, Astronomy and astrophysics, Chemistry, Electrical engineering, Financial markets, Game playing, Geophysics, Materials engineering, Mathematics and algorithmics, Military and law enforcement, Molecular biology, Pattern recognition and data mining, Robotics, Routing and scheduling, Systems engineering)

Dans le domaine de la biologie moléculaire l'utilisation de processus darwiniens pour obtenir des molécules qui ont une fonction améliorée (ou une nouvelle fonction) est relativement banal. Je passerai sur les exemples qui impliquent l'utilisation d'organismes vivants et je me concentrerai sur des systèmes in vitro. Mon exemple préféré est celui du DNA shuffling, dont le brevet est à la base de la création de Maxygen et de sa plate-forme MolecularBreeding™. L'article fondateur a été publié en août 1994, dans Nature, signé par Stemmer WP. d'Affymax Research Institute.

Pour ceux qui ne font pas un effort d'imagination, l'objection arrive immédiatement : "oui, mais là tu pars d'une protéine existante, il serait impossible de partir de rien et d'obtenir le même type de résultats". Pour éviter à Jean des commentaires inutiles, et puisque ses conseillers semblent ne pas être capables soit d'imaginer la chose soit consulter la littérature scientifique (pas plus que lui), je signale que des protéines non-biologiques, produites et ayant évolué in vitro sont également une vieille histoire, dont la dernière étape a été publiée dans PLoS ONE [open-access].

(d'autres lectures sur le sujet ici, ici, ici, ou ici.)

Nous sommes loin des calculs théoriques qui d'après Jean Staune et Pierre Perrier rendraient impossibles/incroyables l'apparition de molécules fonctionnelles de novo, ou de l'utilisation d'approches darwiniennes ou d'algorithmes génétiques en industrie.

Jean fini ce sous-chapitre en critiquant l'exemple de script que Dawkins a proposé pour montrer la puissance des algorithmes génétiques, critique qui porte sur l'intégration du but recherché dans le script, en tant que filtre de sélection oublie-t-il de préciser. La question a été largement débattue et je propose à ceux qui s'y intéressent de jeter un coup d'oeil sur Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!, par Dave Thomas, publié en juillet 2006, ce que Jean aurait dû lire avant de conclure sur une autre démonstration d'ignorance du sujet traité.

En conclusion :

a) les algorithmes génétiques sont utilisés en industrie et produisent,

b) les techniques darwiniennes sont utilisées pour obtenir des produits disponibles commercialement (depuis un moment),

c) des protéines obtenues de novo (non-biologiques) ne nécessitent pas des milliards d'années ou un Intelligent Designer, il suffit d'appliquer le couple mutations aléatoires + sélection pour les obtenir.

Le sous chapitre Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens devrait être réécrit entièrement dans la prochaine édition of The Book C'est dommage que les 20 dernières années l'auteur a échoué à identifier les exemples qui lui manquent, ce qui le fait conclure largement à côté de la plaque.

Enfin, réécrit ou ôté, si l'auteur/éditeur souhaitent vraiment parler d'enquête scientifique.

[addendum]

Pendant que Jean Staune (himself) m'apprend, dans le cadre d'une correspondance privée, où j'écrivais

Voyons voir ce qu'une andouille (aka Modeste Biologiste) puisse faire du ramassis de b qu'est le chapitre XI : prochain épisode "Jean Staune ignore ce qui se fait en usage industriel du modèle d'évolution darwinienne"

que

LA AUCUN PROBLEME MON CONSEILLIER EST PIERRE PERRIER DELEGUE GENERAL DE L’ACADEMIE DES TECHNOLOGIES
SI IL Y AVAIT QUELQUE CHOSE DE CONSÉQUENT IL SERAIT AU COURANT

des choses se passent dans le domaine de la biologie synthétique

Esperons que P P lit Newsweek ou ce forum, qu'il se tienne au courant.

D'une part ça me fait marrer, d'autre part je me dis qu'on est mal barrés avec des conseillers du genre (j'y inclus le spécialiste ès mycobactéries qui ne savait pas que ces bactéries avaient des plasmides bien entendu !)

NB Sur le site de l'Académie des Technologies je vois que le Délégué Général, Paul Parnière, a les mêmes initiales que le conseiller de Jean, mais il ne s'agit pas de lui.

[/addendum 28 mai 2007, 18:53]