four pour Jean

Initialement posté Sur-la-Toile, le 26-05-2007 à 19:44

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Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens (The Book, chapitre XI, p. 310- 315)

Bon ! regardons maintenant autour de nous : où sont ces fours à micro-ondes et autres appareils "darwiniens" ? Serait-il possible que je sois le premier à avoir eu une idée brillante ? Bien sûr que non ! Depuis plus d'un quart de siècle, de nombreuses tentatives ont étét faites pour améliorer via des procédés non seulement des fours mais aussi des avions. Les résultats ? Echec total ! [...] p 311, §4

Il a raison Jean, il est loin d'être le premier a avoir eu cette idée brillante. Il a tort Jean, il y a plein de résultats issus aussi bien de la recherche académique que de l'industrie. Il y a même des industries qui en ont fait leur spécialité, comme Natural Selection ou Maxygen.

Comment est-ce possible qu'il ignore ne serais-ce que les cas qui sont cités sur le Net, par Talk Origins. Ces cas sont juste à un clic de distance de quiconque cherche le domaine et qui dispose d'une connexion Internet.

S'il y a échec total de quelqu'un c'est celui de Jean Staune, incapable de trouver les exemples qu'il pense inexistants. (Acoustics, Aerospace engineering, Astronomy and astrophysics, Chemistry, Electrical engineering, Financial markets, Game playing, Geophysics, Materials engineering, Mathematics and algorithmics, Military and law enforcement, Molecular biology, Pattern recognition and data mining, Robotics, Routing and scheduling, Systems engineering)

Dans le domaine de la biologie moléculaire l'utilisation de processus darwiniens pour obtenir des molécules qui ont une fonction améliorée (ou une nouvelle fonction) est relativement banal. Je passerai sur les exemples qui impliquent l'utilisation d'organismes vivants et je me concentrerai sur des systèmes in vitro. Mon exemple préféré est celui du DNA shuffling, dont le brevet est à la base de la création de Maxygen et de sa plate-forme MolecularBreeding™. L'article fondateur a été publié en août 1994, dans Nature, signé par Stemmer WP. d'Affymax Research Institute.

Pour ceux qui ne font pas un effort d'imagination, l'objection arrive immédiatement : "oui, mais là tu pars d'une protéine existante, il serait impossible de partir de rien et d'obtenir le même type de résultats". Pour éviter à Jean des commentaires inutiles, et puisque ses conseillers semblent ne pas être capables soit d'imaginer la chose soit consulter la littérature scientifique (pas plus que lui), je signale que des protéines non-biologiques, produites et ayant évolué in vitro sont également une vieille histoire, dont la dernière étape a été publiée dans PLoS ONE [open-access].

(d'autres lectures sur le sujet ici, ici, ici, ou ici.)

Nous sommes loin des calculs théoriques qui d'après Jean Staune et Pierre Perrier rendraient impossibles/incroyables l'apparition de molécules fonctionnelles de novo, ou de l'utilisation d'approches darwiniennes ou d'algorithmes génétiques en industrie.

Jean fini ce sous-chapitre en critiquant l'exemple de script que Dawkins a proposé pour montrer la puissance des algorithmes génétiques, critique qui porte sur l'intégration du but recherché dans le script, en tant que filtre de sélection oublie-t-il de préciser. La question a été largement débattue et je propose à ceux qui s'y intéressent de jeter un coup d'oeil sur Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!, par Dave Thomas, publié en juillet 2006, ce que Jean aurait dû lire avant de conclure sur une autre démonstration d'ignorance du sujet traité.

En conclusion :

a) les algorithmes génétiques sont utilisés en industrie et produisent,

b) les techniques darwiniennes sont utilisées pour obtenir des produits disponibles commercialement (depuis un moment),

c) des protéines obtenues de novo (non-biologiques) ne nécessitent pas des milliards d'années ou un Intelligent Designer, il suffit d'appliquer le couple mutations aléatoires + sélection pour les obtenir.

Le sous chapitre Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens devrait être réécrit entièrement dans la prochaine édition of The Book C'est dommage que les 20 dernières années l'auteur a échoué à identifier les exemples qui lui manquent, ce qui le fait conclure largement à côté de la plaque.

Enfin, réécrit ou ôté, si l'auteur/éditeur souhaitent vraiment parler d'enquête scientifique.

[addendum]

Pendant que Jean Staune (himself) m'apprend, dans le cadre d'une correspondance privée, où j'écrivais

Voyons voir ce qu'une andouille (aka Modeste Biologiste) puisse faire du ramassis de b qu'est le chapitre XI : prochain épisode "Jean Staune ignore ce qui se fait en usage industriel du modèle d'évolution darwinienne"

que

LA AUCUN PROBLEME MON CONSEILLIER EST PIERRE PERRIER DELEGUE GENERAL DE L’ACADEMIE DES TECHNOLOGIES
SI IL Y AVAIT QUELQUE CHOSE DE CONSÉQUENT IL SERAIT AU COURANT

des choses se passent dans le domaine de la biologie synthétique

Esperons que P P lit Newsweek ou ce forum, qu'il se tienne au courant.

D'une part ça me fait marrer, d'autre part je me dis qu'on est mal barrés avec des conseillers du genre (j'y inclus le spécialiste ès mycobactéries qui ne savait pas que ces bactéries avaient des plasmides bien entendu !)

NB Sur le site de l'Académie des Technologies je vois que le Délégué Général, Paul Parnière, a les mêmes initiales que le conseiller de Jean, mais il ne s'agit pas de lui.

[/addendum 28 mai 2007, 18:53]