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The dangers of creationism in education

Report
Committee on Culture, Science and Education

Rapporteur: Mr Guy LENGAGNE, France, Socialist Group

58. The Interdisciplinary University of Paris (UIP): The UIP, an association set up under the Law of 1901, was established in 1995 to replace the European University of Paris, which was founded in 1989 to succeed the Popular University of Paris. Supported at the beginning by a number of prestigious companies, it has gradually been abandoned by its sponsors owing to the suspicions of neocreationism raised against it. It is actively working on the introduction of spirituality into the sciences and society and is also said to be very closely allied to the American intelligent design movement. The transmission on ARTE in October 2005 of the Thomas Johnson documentary Homo sapiens, a new history of Man was, incidentally, very controversial in France. It seems to have been very largely inspired by the work of Anne Dambricourt-Malassé, who is responsible for research at the National Scientific Research Centre CNRS, is attached to the Paris Natural History Museum and was at that time a member of the UIP’s scientific council. The documentary was accused of conveying a neocreationist message and helping the UIP’s cause

l'idée de création

Attention, il n’est pas question de dire que l’idée de création est aujourd’hui scientifiquement prouvée. Mais désormais, plus rien n’interdit à quiconque d’inférer (de déduire) logiquement l’idée de création de la recherche scientifique.

Ca, ce sont des paroles de créationniste, pas de doute.

Qui a dit ça ? Jean Staune, celui qui râle quand il est qualifié de néo-créationniste :-) (par ici)

Oh, et en ce qui concerne l'ID ?

I wrote un article you can find on [URL] (it will inform you about what is REALLY non-darwinian biology, ID is only a very very TINY part of it)

Donc, l'ID est une petite partie de la biologie non-darwinienne, hein ? Et si on dit à Jean Staune qu'il a des liens avec le Discovery Institute il risque de commencer à crier à la malhonnêteté n'est-ce pas ?

discuter avec n'importe qui ?

Doit-on accepter de se mettre en face de n'importe qui pour discuter ?

Je me pose la question après avoir lu la présentation que fait Jean-Paul Baquiast de The Book.

Jean Staune est à la recherche de respectabilité, qu'il espère gagner en débattant avec des adversaires qu'il considères comme convenables pour son marketing personnel. Ainsi, même quand il est mis en boîte par André Comte-Sponville il jubile. Il a débattu avec quelqu'un qui améliore sa visibilité dans les médias. Le résultat du débat (toujours philosophique, jamais orienté vers la partie "enquête scientifique" de The Book), ne pouvant aboutir à des conclusions nettes, est toujours utilisable auprès de ses groupies qui ne demandent qu'à être convaincues que quelqu'un au dessus d'eux les prends en charge.
Ainsi, quand je lui signale que notre correspondance en privée me paraît inutile parce que mon intérêt personnel est d'exposer son ignorance il rétorque que ça ne présente aucun intérêt pour lui, son intérêt étant de débattre avec des opposants bien plus connus que lui.

Est-ce souhaitable d'offrir ce glaçage de respectabilité à quelqu'un comme Jean Staune ? Je doute.

Qu'est-ce qu'il apporte sur la table du débat qui pourrait être intéressant ?

Du point de vue scientifique, terrain où souhaite se montrer compétent, je ne peux me prononcer que concernant ses tentatives anti-darwinistes. Une objectivité teintée de son a priori que le monde a été créé et que le hasard n'y est pour rien, qu'il essaie de soutenir avec les exemples les plus éculés, ayant été réfutés depuis belle lurette, et le sensationnalisme supporté par quelques scientifiques que je suspecte de suffisamment de cynisme pour qu'ils professent la controverse juste pour se montrer originaux. Prendre au sérieux JohnJoe McFadden annonçant que les mycobactéries n'ont pas de plasmides et que donc le transfert horizontal des gènes ne peut expliquer leur multi-résistance fera rigoler les biologistes, sauf Ogryzko qui prétend que la contestation d'une théories scientifiques est un dû au nom de la liberté de parole ! Le non biologiste sera peut-être convaincu que si deux éminents scientifiques pensent que Staune a raison il est peut-être possible qu'il ait raison. Ils ne mettront pas en balance le fait que pour un McFadden et un Ogryzko il y en a des milliers qui sont de l'avis opposé et qui soutiennent le leur par des résultats expérimentaux, tandis que ce que Staune rapporte ne sont que des hypothèses non testables. Lutte contre la pensée unique qui ne touche jamais les domaines qui n'ont pas un lien direct avec la spiritualité; pas de contestation au sujet de U=RI par exemple, qui relève autant de la pensée unique en sciences que la théorie de l'évolution.

Du point de vue science appliquées, son exemple de robot inapte à parcourir des paysages analogues aux "fitness landscapes" tombe en quelques minutes en démonstration pratique, pas en hypothèses et sophismes. De même que son ignorance des applications des algorithmes génétiques.

Quelle est l'attitude de Staune quand on lui "met le nez dans le caca" ?

Nier, nier, nier, avec force et conviction l'évidence qu'on place devant lui, se cacher derrières ce que, les uns ou les autres de ceux qu'il cite et considère comme ses conseillers, ont dit, prêt à rejeter la faute sur eux. Essayer de minimiser la porté des contre-exemples qui lui barrent le chemin, recourant si nécessaire à des accusations de malhonnêteté envers ses adversaires qui n'ont pas l'obligeance de le laisser faire.

Et quand on en arrive à parler théologie les choses sont pires. Baptisé orthodoxe, converti au catholicisme, se déclarant catholique hérétique (ne croyant pas au dogme de l'église catholique) fabriquant sa propre scienligion, n'ayant pas une définition de dieu ferme (qui risquerait de restreindre le nombre de ses supporteurs) sous prétexte d'éviter la pensée unique (Voir page 455 de mon livre ou je définis toutes une séries de conceptions différentes de dieu, justement pour éviter toute "pensée unique" sur ce thème. Oui, mon livre part d'une approche aussi objective que possible du réel).

Ce qui caractérise le mieux Jean Staune est l'absence de conviction autre que dieu devrait exister, ne serais-ce que pour lui donner raison, à lui. Le reste est modulable à souhait au grès des besoins et des sources de financement. Si le Discovery Institute n'est pas un partenaire financier intéressant et que la John Templeton Foundation n'aime pas l'Intelligent Design Staune sera un détracteur acharné de l'Intelligent Designer.

Est-ce souhaitable de discuter avec quelqu'un qui est tellement amorphe en termes d'arguments ?

Je pense que Jean Staune déteste le darwinisme parce qu'il le pratique et il n'aimerait pas que ses proches s'en rendent compte. Il émet un gros paquet d'hypothèses gratuites (presque aléatoires) et attend de voir lesquelles pourront survivre au fil du temps à travers les discussions diverses pour clamer qu'il avait raison, considérant même les cadavres déjà bien froids comme des alliés qui peuvent lui servir, tant que son lectorat ne sait pas qu'ils sont morts.

Il triomphe non pas quand un de ses exemples/supports a été prouvé (ce qui ne risque probablement pas d'arriver) mais quand il a évité de se servir d'un exemple qui a été clairement réfuté (voir Michael Behe et évolution des baleines).

Est-ce souhaitable de discuter avec Jean Staune ?

Oui, en commençant par présenter le manque de sérieux de son travail, le fait qu'il ne peut prétendre au titre d'enquête scientifique, en montrant le caractère subjectif de sa collection de ce qui considère les supports de ses hypothèses.
Puis, éventuellement, abordant à nouveau le fait que ses hypothèses concernant un autre niveau d'existence sont exactement ce qu'elles étaient il y a un, deux ou vingt siècles. Des hypothèses gratuites.

JeanWalker 2.1

Ceci est la suite de JeanWalker, initialement publiée Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 19:53

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C'est fou l'effet que ça peut faire deux Perrier, consommés dans l'ambiance amicale d'un pub, à la qualité de mon code. Certains prétendront que c'est les sourires des filles alentours qui m'améliorent et je n'essaierai pas de les contre-dire.

Voici donc JeanWalker 2.1

Le paysage peut être plus complexe et est facile à définir par une série de nombres indiquant chacun le maximum d'un domaine. Les domaines ayant tous une base égale à l'unité.

Ainsi, set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6} est un paysage correspondant à :

Le critère d'abandon de la boucle d'évolution de JeanWalker est le dépassement du dernier domaine, pas du maximum de y, mais du maximum de x.

Voici ce qu'un simple "run" donne :

On voit que JeanWalker passe les "vallées" bien à l'aise, il grimpe aux sommets et continue son errance de façon aléatoire. C'est bien plus satisfaisant qu'une seule petite vallée, n'est-ce pas ?

Le "chemin" parcouru, ains que le nombre d'étapes avant que JeanWalker tente de dépasser le dernier domaine est variable et imprévisible, bien entendu.

Le "code" largement amélioré est ci-dessous, commenté pour m'éviter un organigramme.

-- description du paysage
set landscape to {2, 1, 6, 2, 4, 7, 2, 3, 6}
--initialiser le presse-papier, où les résultats seront stockés
set the clipboard to ""
--placer JeanWalker aux starters
set x to 0
set y to 0
--tend détermine la longueur du "pas" vers le haut
set tend to 0.1
--boredom est la mesure de l'ennui de JeanWalker quand il n'arrive pas à progresser vers le haut
set boredom to 0
--pierre will be used to store the threshold of the last domain
set pierre to 0
-- evolving peut être utilisé pour accélérer la "marche en avant" de JeanWalker; j'ai ajouté ça pour ceux qui ont des machines lentes. A "1" la probabilité d'avancer ou reculer est égale. Si on diminue la valeur le recul est affecté "set x to x + ((thesign * boredom) * evolving)"

set evolving to 1
-- départ
repeat
set previous_y to y -- mémoire à case unique
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
-- arrivée
exit repeat
end try
if y + tend ? domain then
-- grimper si possible
set y to y + tend
else
-- sinon rester sur le "haut du pavé"
set y to domain
end if
if previous_y = y then -- si ça n'avance pas vers le haut
set boredom to boredom + 0.1 - tu t'ennuies
-- vers où aller ? avant ? arrière ? attendons un signe
if (random number {}) < 0.5 then -- aléatoire le signe !
set thesign to 1
set x to x + (thesign * boredom) -- en avant
else
set thesign to -1
set x to x + ((thesign * boredom) * evolving) - en arrière; éventuellement de façon modérée par "evolving"
end if
-- rester dans le paysage
if x ? 0 then set x to 0
if x > (count of landscape) then set x to count of landscape
else
set boredom to 0
end if
-- après un changement de x de façon aléatoire verifier que JeanWalker n'est pas suspendu à l'air, ce n'est pas encore JeanFlyer (prochain épisode)
try
set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
on error
set domain to last item of landscape
end try
if y > domain then set y to domain
-- noter les coordonnées de l'étape et recommencer tant que Jean Walker n'essaie pas de sortir du paysage par la droite.
set the clipboard to (the clipboard) & x & tab & y & return
end repeat
-- prévient qu'il est temps de regarder les résultats !
beep

Script pour les Mac User, n'allez pas me dire que c'est comparable avec les superordinateurs des fabricants d'avions parce que j'aurais tendance à y croire.

JeanWalker

Initialement poste à Sur-la-Toile, le 03-06-2007 à 18:55

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J'ai interrompu mes commentaires du sous chapitre "recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens pour répondre à la demande de Nox.
Entre temps, à l'occasion de l'échange de quelques e-mails avec Staune, j'apprenais que Pierre Perrier, un de ses conseillers de Staune, bouffe au petit déjeuner des généticiens comme moi ! Effrayé par la menace qui plane au dessus du Modeste Biologiste™ que je suis, j'entreprends quand même une critique des paragraphes p 313 §4 à p314 §3.

Pierre Perrier, spécialiste de la modélisation (on ne sait pas de quoi sur quoi mais passons), est mentionné par Staune au sujet d'un de ses articles parus dans L'evoluzione : crocevia di scienza, filosofia e teleologia Editions Studium, Rome, 2005, intitulé "Que nous apprend l'analyse mathématique de la micro et de la macro-évolution". Staune utilise une analogie, bien choisie pour prétendre que un "algorithme de contrôle optimal" est nécessaire pour résoudre certaines situations.

Utilisons une analogie : un robot peut arriver au sommet d'une montagne avec un jeu d'instructions très simple l'amenant à grimper toujours plus haut, s'il peut gravir la montagne de façon régulière et en ligne droite. Mais s'il doit monter, redescendre, chercher son chemin, remonter, redescendre, etc. , pour arriver au sommet, alors il faut :

• soit que le robot sache qu'il a un but à atteindre
• soit que, avant de commencer à redescendre, le robot explore à distance les chemins qui lui permettent de remonter.

J'espère que ce passage n'a pas eu l'approbation de PP mangeur de généticiens comme moi et spécialiste de la modélisation. Et que l'erreur incombe uniquement à Jean Staune.

Je reprends donc l'analogie du robot de Jean Staune pour construire un bot sous forme de script (que j'ai nommé JeanWalker) qui ne sait pas qu'il a un but à atteindre (d'ailleurs ce n'est pas qu'il ne le sait pas, c'est qu'il n'en a pas tout court, faut avoir l'esprit contaminé par le téléologisme pour vouloir à tout prix qu'il y ait un but), qui n'a aucun moyen d'explorer à distance les chemins qui lui permettent de remonter mais qui arrive à dépasser un minimum local sans problème.

L'algorithme a été conçu à l'aide d'un sous-bock approprié (sans impression à l'envers) et d'un porte-mine 0.7 mm, au cours de la consommation de la quatrième pinte de stout de la soirée, par un Modeste Biologiste; il a fallu un peu moins de 40 sec.

L'implémentation est en Applescript (seul outil de programmation que ledit MB maîtrise vaguement) et le script est donné ici (Applescript, donc besoin d'un Mac) au profit de ceux qui veulent vérifier qu'il n'y a pas de "contrôle optimal" inclus; deux cafés ont été consommés pendant ce travail inhumain pour un programmeur du dimanche, et comme je dis souvent, programmeur du dimanche 29 février :-)

Pour tester JeanWalker j'ai dessiné un paysage simple, constitué d'un premier sommet A, d'une vallée B et d'un deuxième sommet C. Le bot est toujours placé en bas à gauche du paysage (point rouge) et il est "lâché".

JeanWalker "monte" tant qu'il peut. S'il n'arrive plus à monter (ayant atteint l'optimum local A) il s'ennuie et commence à se déplacer horizontalement, de façon aléatoire. Eventuellement, à un moment il finira par "tomber" dans la vallée B et il continue son chemin erratique jusqu'à pouvoir à nouveau "monter", sur le sommet C. S'il atteint les coordonnées [6, 6] le script s'arrête de tourner et rend la main avec l'historique dans le presse-papier. On peut alors le coller dans un tableur et tracer le graph du déplacement, pour mieux visualiser ce qui s'est passé.

Invariablement, après un nombre de "tours" plus ou moins important (imprévisible, le changement de coordonnées x étant aléatoire) JeanWalker atteint les coordonnées [6, 6] ! Mazette !

Et ce sans qu'il ait un but et sans pouvoir explorer à distance quoi que ce soit. Voici le graph de deux historiques.

Et voici le graph du nombre d'étapes nécessaires pour 12 run de JeanWalker. Ca n'a aucune importance ici, mais je reviendrai sur ça un peu plus tard, en continuant la critique de The Book.

Et quelques remarques associées qui serviront pour la suite de ma critique.

Quand le script s'arrête, on sait que JeanWalker se trouve aux coordonnées [6, 6]. On connaît par ailleurs le mécanisme qui lui a permis d'atteindre ce point. Mais tant qu'on n'a pas examiné le contenu du presse-papier (qui correspond à l'historique), nous sommes incapables de dire quel chemin a été parcouru. Il en va de même de l'évolution d'une espèce : on connaît le mécanisme, on connaît le résultat, mais nous sommes incapables de donner le chemin exact, personne n'ayant enregistré les diverses étapes. On peut avoir une approximation grâce au "registre des fossiles" mais elle est partielle et ne peut pas être basée sur les génotypes, l'ADN n'étant pas souvent accessible.

Le nombre des chemins est quasi-infini (à la précision de la machine près pour les décimales et du nombre d'étapes nécessaires). Ce qui fait que la probabilité que deux run produisent des graphs identiques est très faible.

Si on n'arrête pas le script sur la condition [6, 6], il continue tranquillement son chemin. L'arrêt n'est là que pour pouvoir récupérer les données, ce n'est pas un contrôle quelconque de l'historique.

Je reviendrai sur ces points plus tard donc.

La question se pose : Comment quelqu'un qui a fait des maths et de l'informatique au niveau bac+5 et dit avoir réalisé une enquête scientifique (je parle de Jean Staune bien entendu), conseillé par un membre de l'Académie des Technologies spécialiste de "modélisation" (avec des habitudes alimentaires matinales bizarres, je parle de Pierre Perrier) n'a pas été capable d'arriver à un bot aussi simple que celui que je présente ici, capable de dépasser des vallées... Et ce, durant les 20 dernières années.

C'est probablement dû à ce que j'ai nommé la "chute de QI induite" que l'on observe chez tout un chacun lors qu'il s'occupe de sujets qui ne lui tiennent pas à coeur, chez les néo-créationnistes en particulier lors qu'il s'agit de logique simple.

Enfin, maintenant on sait que c'est possible et que tous les raisonnements bâtis sur l'impossibilité prétendue par Staune pour résoudre ce problème doivent être revus entièrement.

Est attendu aux rayons des librairies outre-atlanique, le livre de Michael Behe "The Edge of Evolution", qui se base sur une série de réflexions très proches à celles que Jean Staune utilise. Les gens qui ont eu entre les mains les exemplaires destinés à la critique en parlent déjà.

Une critique qui m'évitera beaucoup de travail a été publiée par Marc Chu-Carroll (en, je demande autorisation de la traduire et de la publier ici ou sur mon blog). Certains trouveront le ton de Marc un peu trop polémique à leur goût. Je le trouve juste. La partie la plus marrante est que William Dembski, le matheux de la bande du Discovery Institute, n'ayant rien à répondre à la critique de fond, s'est fendu d'un post puant (en).

NB Si quelqu'un se sent l'envie de soigner un peu le code de l'Applescript je lui paie un pot à la première occasion. Si quelqu'un pourrait en faire un Java (ou autre) qui puisse tourner sur d'autres systèmes que Mac OS je lui paie deux pintes Je suis en train d'investir lourdement.

four pour Jean

Initialement posté Sur-la-Toile, le 26-05-2007 à 19:44

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Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens (The Book, chapitre XI, p. 310- 315)

Bon ! regardons maintenant autour de nous : où sont ces fours à micro-ondes et autres appareils "darwiniens" ? Serait-il possible que je sois le premier à avoir eu une idée brillante ? Bien sûr que non ! Depuis plus d'un quart de siècle, de nombreuses tentatives ont étét faites pour améliorer via des procédés non seulement des fours mais aussi des avions. Les résultats ? Echec total ! [...] p 311, §4

Il a raison Jean, il est loin d'être le premier a avoir eu cette idée brillante. Il a tort Jean, il y a plein de résultats issus aussi bien de la recherche académique que de l'industrie. Il y a même des industries qui en ont fait leur spécialité, comme Natural Selection ou Maxygen.

Comment est-ce possible qu'il ignore ne serais-ce que les cas qui sont cités sur le Net, par Talk Origins. Ces cas sont juste à un clic de distance de quiconque cherche le domaine et qui dispose d'une connexion Internet.

S'il y a échec total de quelqu'un c'est celui de Jean Staune, incapable de trouver les exemples qu'il pense inexistants. (Acoustics, Aerospace engineering, Astronomy and astrophysics, Chemistry, Electrical engineering, Financial markets, Game playing, Geophysics, Materials engineering, Mathematics and algorithmics, Military and law enforcement, Molecular biology, Pattern recognition and data mining, Robotics, Routing and scheduling, Systems engineering)

Dans le domaine de la biologie moléculaire l'utilisation de processus darwiniens pour obtenir des molécules qui ont une fonction améliorée (ou une nouvelle fonction) est relativement banal. Je passerai sur les exemples qui impliquent l'utilisation d'organismes vivants et je me concentrerai sur des systèmes in vitro. Mon exemple préféré est celui du DNA shuffling, dont le brevet est à la base de la création de Maxygen et de sa plate-forme MolecularBreeding™. L'article fondateur a été publié en août 1994, dans Nature, signé par Stemmer WP. d'Affymax Research Institute.

Pour ceux qui ne font pas un effort d'imagination, l'objection arrive immédiatement : "oui, mais là tu pars d'une protéine existante, il serait impossible de partir de rien et d'obtenir le même type de résultats". Pour éviter à Jean des commentaires inutiles, et puisque ses conseillers semblent ne pas être capables soit d'imaginer la chose soit consulter la littérature scientifique (pas plus que lui), je signale que des protéines non-biologiques, produites et ayant évolué in vitro sont également une vieille histoire, dont la dernière étape a été publiée dans PLoS ONE [open-access].

(d'autres lectures sur le sujet ici, ici, ici, ou ici.)

Nous sommes loin des calculs théoriques qui d'après Jean Staune et Pierre Perrier rendraient impossibles/incroyables l'apparition de molécules fonctionnelles de novo, ou de l'utilisation d'approches darwiniennes ou d'algorithmes génétiques en industrie.

Jean fini ce sous-chapitre en critiquant l'exemple de script que Dawkins a proposé pour montrer la puissance des algorithmes génétiques, critique qui porte sur l'intégration du but recherché dans le script, en tant que filtre de sélection oublie-t-il de préciser. La question a été largement débattue et je propose à ceux qui s'y intéressent de jeter un coup d'oeil sur Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!, par Dave Thomas, publié en juillet 2006, ce que Jean aurait dû lire avant de conclure sur une autre démonstration d'ignorance du sujet traité.

En conclusion :

a) les algorithmes génétiques sont utilisés en industrie et produisent,

b) les techniques darwiniennes sont utilisées pour obtenir des produits disponibles commercialement (depuis un moment),

c) des protéines obtenues de novo (non-biologiques) ne nécessitent pas des milliards d'années ou un Intelligent Designer, il suffit d'appliquer le couple mutations aléatoires + sélection pour les obtenir.

Le sous chapitre Recherchons micro-ondes et téléviseurs darwiniens devrait être réécrit entièrement dans la prochaine édition of The Book C'est dommage que les 20 dernières années l'auteur a échoué à identifier les exemples qui lui manquent, ce qui le fait conclure largement à côté de la plaque.

Enfin, réécrit ou ôté, si l'auteur/éditeur souhaitent vraiment parler d'enquête scientifique.

[addendum]

Pendant que Jean Staune (himself) m'apprend, dans le cadre d'une correspondance privée, où j'écrivais

Voyons voir ce qu'une andouille (aka Modeste Biologiste) puisse faire du ramassis de b qu'est le chapitre XI : prochain épisode "Jean Staune ignore ce qui se fait en usage industriel du modèle d'évolution darwinienne"

que

LA AUCUN PROBLEME MON CONSEILLIER EST PIERRE PERRIER DELEGUE GENERAL DE L’ACADEMIE DES TECHNOLOGIES
SI IL Y AVAIT QUELQUE CHOSE DE CONSÉQUENT IL SERAIT AU COURANT

des choses se passent dans le domaine de la biologie synthétique

Esperons que P P lit Newsweek ou ce forum, qu'il se tienne au courant.

D'une part ça me fait marrer, d'autre part je me dis qu'on est mal barrés avec des conseillers du genre (j'y inclus le spécialiste ès mycobactéries qui ne savait pas que ces bactéries avaient des plasmides bien entendu !)

NB Sur le site de l'Académie des Technologies je vois que le Délégué Général, Paul Parnière, a les mêmes initiales que le conseiller de Jean, mais il ne s'agit pas de lui.

[/addendum 28 mai 2007, 18:53]