J'ai longuement interrompu la critique du livre de Jean Staune "L'existence a-t-elle un sens ?", chapitre XI, à cause d'une des personnes qui y sont célébrées, Vincent Fleury.
Initialement je ne pensais pas m'intéresser à son cas aussi longuement, son ignorance affichée sur les forums de Sur-la-Toile de la théorie de l'évolution et de la génétique me paraissant être des éléments suffisants pour disqualifier sa théorie qui a attiré l'attention de Staune. La discussion avec Vincent Fleury était censée être arrivée à un terme, à sa demande, le fil de discussion était clos, et j'avais entrepris la critique des divers sous-chapitres du XI sur un nouveau fil. Vincent Fleury y est venu défendre son nouvel ami Staune, s'est planté de façon lamentable (j'y reviendrai), et a détourné le sujet, à nouveau en défense de sa théorie, ânonnant ses mantras habituels. Devant la tiédeur des modérateurs, qui n'ont pas souhaité enlever les interventions hors sujet du nouveau fil, j'ai simplement quitté le forum et j'ai transporté mes critiques de Vincent Fleury sur le blog dloale.wordpress.com, où j'accumulais des articles de la littérature scientifique contredisant les positions de Vincent Fleury. Ce dernier, malgré le fait qu'il répète à qui veut l'entendre qu'il n'aime pas la polémique, y est venu discuter, non pas avec moi, mais avec une amie qui m'avait rejoint, intéressée par le cas, incrédule que Vincent Fleury puisse croire ce qu'il racontait, en particulier sur une page de son site universitaire.
Fleury y a continué le récital entamé sur SLT, faisant preuve
- d'incompétence en tant que modélisateur pour analyser correctement une situation, soit-elle simple,
- d'incapacité de lire et comprendre des articles sur le développement,
- d'un flou incompréhensible concernant ses propres modèles qui se veulent des calculs exacts,
- d'une mauvaise foi qui est inacceptable pour quelqu'un qui se réclame de la démarche scientifique.
Ainsi, la critique de la "pierre de rosette" de Staune est largement mieux étayée que ce que j'aurais pensé faire.
Vincent Fleury semble être un platonicien estimant a priori que les formes sont latentes et que l'évolution du vivant ne fait que les révéler, trouvant inacceptable l'idée que les organismes/individus puissent être déterminés par leurs génomes; plutôt anti-Mendel que anti-Darwin d'ailleurs. Dans la volée, il réfute les résultats expérimentaux en embryologie et ses modèles semblent être bâtis sur des a priori, certainement pas sur ses propres résultats expérimentaux, qu'il avoue de ne pas avoir produit pour tester ses hypothèses. Fermement convaincu d'être le détenteur d'une vérité qui ne serait pas facile à faire admettre par ses pairs, il a préféré emprunter le chemin de la publication grand public avant celui de la littérature scientifique évaluée avant publication (peer-review), se procurant ainsi un public qui serait plus perméable aux assertions ex cathedra démunies de vérifications expérimentales.
[addendum 23 avril 2009
Vincent Fleury vient de publier dans une revue de physique :
Clarifying tetrapod embryogenesis, a physicist’s point of view]
Ainsi convaincu, il pense déceler des preuves de ce qu'il avance partout; soit-il dans des expérimentations dont il n'a pas lu les compte rendus, ou pas compris, ce qui est fort probable également, et qui le contredisent de façon flagrante, dans des propos qui sont nuancés mais que lui souhaiterait catégoriques pour crier à la persécution, dans des situations qui sont d'une clarté exemplaire et qu'il essaie de distordre pour les faire coller à ce qu'il souhaiterait qu'il soit. C'est un interlocuteur caractérisé par un manque complet d'honnêteté lors des échanges, prompt à avoir recours à des accusations fantaisistes, aux injures, au détournement de la discussion, mais certes pas capable de reconnaître ses erreurs et de s'excuser des phrases malencontreuses qu'il a écrites. Cette critique ressemble à une attaque ad hominem, et on pourrait me reprocher ceci, mais en fait il s'agit de la critique d'une école, école que Vincent Fleury représente tout seul pour l'instant, et que j'espère n'aura pas d'autre représentant dans le futur.
Non pas que les tentatives pour expliquer le vivant indépendamment de la génétique et l'évolution de façon anti-Darwin manquent, et d'habitude elles ne font pas long feu dans un environnement ou le flux d'information est rapide et que les théories avancées sont rapidement confrontées à des gens qui disposent l'expertise nécessaire pour les ridiculiser. Le cas le plus proche de Vincent Fleury étant Stuart Pivar, qui a été massacré par des experts en mathématiques et embryologie et qui s'est rendu mondialement ridicule en souhaitant intenter un procès à Seed Magazine et PZ Myers pour diffamation, à cause de la critique négative que ce dernier a publié (et que je trouve excellente).
Que les hypothèses de Vincent Fleury aient un quelconque lien avec la réalité ou non, nous n'en avons aucune preuve, lui-même ne semblant pas avoir considéré nécessaire de tester ses positions par l'expérimentation. Il n'est donc possible que de critiquer les bases de son raisonnement.
Il écrit clairement qu'il ne peut accepter que l'évolution soit le fait des gènes, clarifiant ainsi un a priori des plus ridicules depuis Mendel. Rien qu'avec cette assertion Vincent Fleury se disqualifie lui-même pour toute discussion sérieuse dans le domaine. Tout au plus on peut lui demander de prendre un bouquin de biologie du secondaire et le potasser, évitant pendant ce temps de se qualifier de biophysicien. Ce qui est étonnant, c'est qu'habituellement, il ne rejette pas de façon aussi catégorique la génétique. Au contraire, une des publications qu'il co-signe dit clairement le contraire : "The “hard wiring” encoded within the genome that determines the emergence of the laryngotracheal groove and subsequently early lung branching morphogenesis is mediated by finely regulated, interactive growth factor signaling mechanisms that determine the automaticity of branching, interbranch length, stereotypy of branching, left-right asymmetry, and finally gas diffusion surface area." (Source). Interpellé publiquement sur SLT pour s'expliquer sur ce point, il s'est senti agressé ! Si un scientifique ne défend pas ses position publiées face au public (des étudiants du domaine) qui l'interroge sur un revirement aussi spectaculaire, je ne vois pas comment on pourrait lui attribuer une crédibilité quelconque. Il faut au moins avoir le courage de défendre ses opinions.
Il réfute les résultats expérimentaux en embryologie. Il semble penser que ce ne sont pas là des cas réels à cause de l'intervention des expérimentateurs pour perturber le système étudié, évite soigneusement de discuter les cas où l'intervention est suffisamment écartée pour que les perturbations ne soient transmises que par le matériel génétique, pense enfin que ses modèles mathématiques sont plus réels que ce qui se passer à la paillasse d'un laboratoire de recherche. Un refus de l'empirisme qui n'est pas à l'honneur d'un scientifique et qui constitue le deuxième a priori sur le quel les réflexions de Vincent Fleury sont basées.
En général, ses a priori semblent l'aveugler suffisamment pour qu'il soit incapable d'analyser correctement une situation, même des plus simples (Jean Walker), lire un texte et essayer de le comprendre (Ptx1), observer un cas clairement exposé et essayer de le mettre en adéquation avec ses hypothèses (positionnement de L2/R2, Weiser et al., premier épisode) et le conduisent par prendre ses désirs pour des réalités (positionnement de L2/R2, Weiser et al., deuxième épisode), donnant une impression de brouillon, où tout ce qui ne correspondrait pas avec ce qu'il dit, doit être écarté à la hache, ou simplement ognoré. Il y en a qui y verront un enthousiasme plein de candeur, j'y vois un comportement indigne d'un chercheur, qui devrait aborder son sujet en essayant de se renseigner au mieux de l'état de l'Art avant de commencer à avoir des opinions personnelles, qu'il formulerait en tant qu'hypothèses et qu'il testerait avant de les proposer pour discussion à ses collègues experts du domaine.
Voilà donc ce que j'ai à dire de la "pierre de rosette" de Jean Staune, après l'avoir pratiquée par des échanges sur SLT et sur dloale, ou parcouru ce qu'il appelle pompeusement Foire Aux Questions, hébergé par un site universitaire, celui de l'Université de Rennes 1, où, au moins les questions que moi j'ai posées, sont déformées, et certes pas répondues si ce n'est par du charabia, l'exemple le plus lamentable étant FAQ 2, qui mérite la lecture (voir en fin de post).
Jean Staune, prudent quand il inclue dans son écurie un exemple qui n'a pas eu encore le temps d'être éprouvé, entame le sous-chapitre où il présente Vincent Fleury et sa théorie en ajoutant au titre plus que la précaution d'usage : "Et si l'évolution de faisait (presque) indépendamment de la sélection ?" Il a beau formuler ça comme une question, il s'ajoute un deuxième préservatif, ce "(presque)" qui est déjà un désaveux du positionnement rejetant la théorie qu'il va présenter. Pour éviter d'introduire Vincent Fleury, illustre inconnu en dehors d'un petit cercle, il démarre avec des allusions à Simon Conway-Morris qui est en train de grignoter les fonds de la Fondation John Templeton, qui finance également Jean Staune, puis il nous fait une de ses pirouettes de prestidigitation rhétorique en impliquant Stephen Jay Gould et Marc Godinot ("paléontologue du Muséum national d'histoire naturelle, considéré comme tout à fait orthodoxe", ajoute Staune, pour qui le prestige et l'orthodoxie de ses références est essentielle, n'ayant pas lui-même la moindre stature et certes pas les compétences nécessaires pour discuter de biologie). Je ne connais pas Marc Godinot, mais Jean Staune ne fait que citer ses opinions et chacun peut en exprimer autant qu'il le souhaite, ça ne fait pas des dites opinions des faits sur les quels on pourrait baser un raisonnement scientifique autre que celui permettant de bâtir des hypothèses. Et les opinions de Marc Godinot ne doivent pas être exemptes d'une certaine religiosité, pour preuve son implication en tant que vice-président, actuellement, de l'association des scientifiques chrétiens "Réseau Blaise Pascal", qui a comme devise "Science, Culture et Foi", reprise en sous-titre, sous la forme "Réseau de groupes francophones autour de sciences, cultures et foi chrétienne". [update 9 mai 2008 - En lisant "Connaître n° 26, publiant les actes du colloque "Création contre évolution ?", publiant une intervention de Marc Godinot, j'apprends un peu à le connaître lui. Et ce que je lis me plaît plutôt, son opinion au sujet de "la rosette" n'étant pas loin de la mienne :-) Il trouve que Fleury parle de paléontologie de façon affligeante, et il semble ne pas être très en phase avec les déformations géométriques à la d'Arcy]
Pour Staune : "la question est de savoir quelle est l'influence réciproque de la sélection et de ces contraintes du développement", 'ces' faisant allusion aux contraintes limitant les possibilités d'êtres vivants. Le sophisme est posé, pas si délicatement que ça. Si on pose la question en quoi ces contraintes sont différentes de la sélection naturelle, pourquoi les dissocier et aller même jusqu'à les opposer, on n'obtient aucune réponse. C'est dans cet écrin fallacieux que Jean Staune vient déposer Vincent Fleury, "(chercheur au CNRS, biophysicien, spécialiste du développement des formes)", comme il précise.
Il est dit que Vincent Fleury n'hésite pas de proposer une théorie radicalement nouvelle de l'origine des êtres vivants dans laquelle la génétique [b] ne joue qu'un rôle secondaire. Et c'est vrai que Vincent Fleury n'hésite pas. Il y a une précision que j'ai omise mais signalé par [b], que Staune place entre parenthèses, mais qui mérite d'être examinée à part : [b = "et donc les processus darwiniens de mutation et sélection"]. Bien sûr Darwin ne connaissait pas la génétique, ni les mutations. Bien sûr Vincent Fleury ne s'y connaît pas suffisamment en biologie pour qu'on lui reproche une telle confusion, mais Staune, lui, est au courant de l'histoire des sciences suffisamment pour que cette erreur lui saute à la figure. Mais son enthousiasme l'emporte et il laisse cette énorme bourde en toutes lettres page 306, §2 de The Book.
Il continue avec une phrase qui est la clé de voûte autour de laquelle Staune bâtit la présentation de Vincent Fleury : "Fleury analyse le développement de l'embryon à partir de la première cellule, et montre que les dynamiques internes qui s'y développent peuvent être analysées par des concepts physiques précis. La base de la théorie repose sur le calcul de la déformation induite dans le tissu vivant par une cellule qui se déplace."
Bien sûr il est possible d'analyser le développement par des concepts physiques précis. Mais ce n'est pas ce que Vincent Fleury fait. Il ne part pas de l'observation et de la mesure pour aboutir à une modélisation. Il m'a fallu plusieurs mois d'échanges pénibles pour avoir confirmation du fait que Vincent Fleury n'a pas testé ses modèles expérimentalement. Et que les propriétés et les raisons de déplacement des cellules durant le développement non pas seulement lui échappent, mais il refuse obstinément de les prendre en compte (refus de l'empirisme mentionné ci-dessus).
La conclusion de Vincent Fleury qui a attiré l'attention de Jean Staune est le sous-titre du livre dloale : le sens de l'évolution. Vincent Fleury pense que l'évolution a un sens. Son approche est plutôt naïve, procède d'une analogie injustifiée et injustifiable avec la diffusion, et porte la marque du handicape dû à son ignorance, avouée, des travaux sur la directionnalité d'évolution d'un caractère, sous l'effet de la sélection naturelle, et les changements de sens lors des modifications des conditions caractérisant le milieux sélectionnant. Ainsi il peut penser ce que bon lui semble et ça n'a pas la moindre importance et ses qualifications universités n'y apportent aucun poids. Autant demander à Madame Soleil ce qu'elle pense de la météo du 14 juillet 3012 ou à Elisabeth Tessier son opinion sur la théorie des cordes.
Jean Staune, encore un fois prudent, il dit qu'il est trop tôt pour porter un jugement global sur l'approche de Vincent Fleury. Mais il est assez tard pour porter un jugement sur l'approche de Jean Staune. Il s'est saisi de la théorie de Vincent Fleury en ne se posant pas les questions de base que quiconque réalise une enquête scientifique devrait se poser au sujet des postulats de base, de l'adéquation de la théorie avec les données expérimentales, de la solidité de l'argumentation face aux critiques des experts du domaine. "N'importe quoi à condition qu'il semble contredire Darwin" est l'approche de Staune. N'importe quoi pour faire semblant.
Quatre raisons sont données qui rendraient l'approche de Vincent Fleury intéressante :
- elle serait la "pierre de rosette" qui donnerait un semblant de respectabilité aux thèses d'Anne Dambricourt-Mallassé, Jean Chaline, Michael Denton, Rosine Chandebois, D'Arcy Thompson, Simon Conway-Morris; je pense que ces personnes devraient chercher leur bonheur ailleurs (pour celles qui sont vivantes), mais il n'est pas impossible qu'ADM y voit une vague lumière pouvant la soutenir, mais sur une base qui n'est pas à la hauteur de son empirisme, dont on ne peut la priver, elle.
- parce qu'elle montre que la situation n'est pas figée dans les science de l'évolution; je ne sais pas pourquoi Vincent Fleury en particulier en est une preuve pertinente, il y a des longues discussions sur la théorie de l'évolution, certes essentiellement darwin-like quand il s'agit de discussions scientifiques et l'ignorance affichée, avouée même pour certains sujets, de Vincent Fleury ne le rend pas pertinent.
- elle montrerait que l'évolution des êtres vivants repose sur des concepts simples; Jean Staune est incapable de comprendre un concept aussi simple que variation/sélection et il croît que le concept de Vincent Fleury est encore plus simple !
- elles constituerait un exemple parfait des "nouvelles lunettes" permettant de voir l'évolution différemment; en ami qu'il se déclare, Jean Staune devrait offrir des nouvelles lunettes à Vincent Fleury, avec l'espoir que ce dernier pourrait mieux lire, sa façon de voir et d'interpréter n'étant certes pas une garantie de succès, quel que soit le domaine abordé, d'après ce qu'il a pu nous montrer lui-même.
Aucune des quatre raisons ne me semble pertinente.
La question reste quand même : pourquoi certains, dont Jean Staune et Vincent Fleury, s'acharnent à extraire du concept de la sélection naturelle une partie, dans le cas présent des/les lois physiques, et par la suite font semblant que ce sous-ensemble serait en opposition avec la sélection naturelle ? Ils ne se rendent pas compte du ridicule de leur approche ? Et si non, pourquoi ?
Extrait de Foire aux questions, de Vincent Fleury, website de l'UMR CNRS 6626, Groupe Matière Condensée et Matériaux, CNRS/Université de Rennes 1.
FAQ 2 (Antoine Bordeaux) Des travaux montrent que ça n'est pas possible de considérer un objet mathématique qui serait "l'adaptation" ("fitness") en fonction des gènes.
réponse - je ne considère pas du tout le "fitness" en fonction des gènes, mais le "fitness" en fontion de la forme, dans le vrai espace des formes telles qu'on les voit. L'espace que je considère est l'espace où les paramètres du génôme sont reparamétrés sur les paramètres physiques réels, qui dimensionnent le problème : ex: la longueur d'une patte peut évidemment dépendre de mille gènes, mais ces gènes ne pourront produire qu'une patte plus longue ou moins longue, dans une space de toutes les pattes, de petites à longues. Le paramètre "longueur de patte" est pertinent pour analyser l'adaptation, pas le paramètre "gène untel". Cependant, d'où sort cette longueur de patte? Elle sort d'un écoulement visco-élastique du bourgeon de membre, dont les paramètres sont la durée de croissance T, la viscosité du tissu, l'épaisseur du tissu, en gros. La vitesse de croissance, dans une hypothèse simple de type loi de D'Arcy sera propotionnelle à bcarré/viscosité. Par conséquent, la longueur de la patte sera fonction de Txbcarré/viscosité. Des milliers de gènes peuvent modifier T, b ou la viscosité, en provoquant simplement le même effet adimensionné, qui ne dépend que du produit bcarréT/viscosité. Dans ce cas, le paramètre bcarréT/viscosité est le bon paramètre du problème, et au fil des mutations affectant ce nombre, la patte s'allonge stochastiquement, avec une diffusion vers les grandes pattes.
Exemple d'allongement dû à une modification des paramètres biophysiques du problème. Une sphère fibrée tend à devenir plus pointue si les fibres sont plus raides. Si on change dans le modèle la raideur des fibres de façon continue (en haut à gauche pas de fibres, en bas à droite plein de fibres), on obtient un allongement et la sortie d'une pointe. ça évoque l'effet chaire de poule : une petite boule de muscles (le follicule) se contracte, et ça sort vers le haut une petite bosse. Cet exemple (construction de Wulff d'une surface dont la tension de surface diverge au pôle par effet de rétrécissement des anneaux de fibres) montre comment un principe physique simple, associé à une variation des paramètres matériels, induit un changement de forme déterminé. Je pense que cela a également à voir avec la croissance des plumes.
Je ne dirai pas ce que je pense vraiment de la méthode et de ceux qui l'utilisent; surtout ceux qui se targuent d'être ouverts au débat.
Merde, merde, merde !
Le message de Jean commence par(
